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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kl7 | ||||||||||||
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タイトル | Beta-arrestin 1 mutant S13D/T275D | ||||||||||||
要素 | Beta-arrestin-1アレスチン | ||||||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Beta-arrestin-1 (アレスチン) / Signaling | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 V2 vasopressin receptor binding / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / sensory perception of touch / G alpha (s) signalling events / alpha-1B adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone signaling pathway / protein phosphorylated amino acid binding / angiotensin receptor binding / Lysosome Vesicle Biogenesis ...V2 vasopressin receptor binding / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / sensory perception of touch / G alpha (s) signalling events / alpha-1B adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone signaling pathway / protein phosphorylated amino acid binding / angiotensin receptor binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / MAP2K and MAPK activation / Ub-specific processing proteases / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-8 production / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / response to morphine / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / mitogen-activated protein kinase kinase binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / clathrin binding / stress fiber assembly / negative regulation of Notch signaling pathway / 仮足 / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / positive regulation of receptor internalization / phototransduction / クラスリン / negative regulation of protein ubiquitination / insulin-like growth factor receptor binding / 視覚 / GTPase activator activity / negative regulation of protein phosphorylation / positive regulation of protein ubiquitination / G protein-coupled receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / phosphoprotein binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / エンドサイトーシス / protein transport / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / transmembrane transporter binding / 樹状突起スパイン / positive regulation of MAPK cascade / transcription coactivator activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein ubiquitination / エンドソーム / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.794 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kang, H. / Choi, H.J. | ||||||||||||
資金援助 | 韓国, 3件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Conformational Dynamics and Functional Implications of Phosphorylated beta-Arrestins. 著者: Kang, H. / Yang, H.S. / Ki, A.Y. / Ko, S.B. / Kim, K.W. / Shim, C.Y. / Kim, K. / Choi, H.J. / Chung, K.Y. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kl7.cif.gz | 296.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kl7.ent.gz | 239.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kl7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6kl7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6kl7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2wtrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47543.977 Da / 分子数: 2 / 変異: S13D, T275D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arrb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29066 #2: 化合物 | ChemComp-BA / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.43 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.05 M HEPES 7.5, 70 mM BaCl2, 9% PEG 3550 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.794→40 Å / Num. obs: 27394 / % possible obs: 98.68 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 65.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07279 / Rpim(I) all: 0.04162 / Rrim(I) all: 0.0841 / Net I/σ(I): 12.89 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5517 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2715 / CC1/2: 0.887 / Rpim(I) all: 0.3086 / Rrim(I) all: 0.6336 / % possible all: 98.15 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2WTR 解像度: 2.794→39.096 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.36 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 224.09 Å2 / Biso mean: 95.914 Å2 / Biso min: 30.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.794→39.096 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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