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万見
- PDB-6kke: THRb mutation with a novel agonist -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kke
タイトルTHRb mutation with a novel agonist
要素
  • SRC2-3
  • Thyroid hormone receptor beta
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / agonist (アゴニスト) / thyroid hormone receptor / anemia (貧血)
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / type I pneumocyte differentiation ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / retinoic acid receptor signaling pathway / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / response to progesterone / nuclear receptor binding / sensory perception of sound / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / HATs acetylate histones / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / 細胞分化 / nuclear body / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 ...Thyroid hormone receptor / 核内受容体コアクチベーター2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8HO / Thyroid hormone receptor beta / 核内受容体コアクチベーター2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.577 Å
データ登録者Yao, B.Q. / Li, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)U1405220 中国
引用
ジャーナル: Iscience / 年: 2019
タイトル: Revealing a Mutant-Induced Receptor Allosteric Mechanism for the Thyroid Hormone Resistance.
著者: Yao, B. / Wei, Y. / Zhang, S. / Tian, S. / Xu, S. / Wang, R. / Zheng, W. / Li, Y.
#1: ジャーナル: Adv. Drug Deliv. Rev. / 年: 2010
タイトル: Structural and functional insights into nuclear receptor signaling
著者: Jin, L. / Li, Y.
履歴
登録2019年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor beta
C: SRC2-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8203
ポリマ－29,4672
非ポリマー3521
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1040 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.732, 106.732, 57.079
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Thyroid hormone receptor beta / / Nuclear receptor subfamily 1 group A member 2 / c-erbA-2 / c-erbA-beta


分子量: 28117.693 Da / 分子数: 1 / 変異: H435L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRB, ERBA2, NR1A2, THR1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P10828
#2: タンパク質・ペプチド SRC2-3


分子量: 1349.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15596*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-8HO / 2-[(1-methyl-4-oxidanyl-7-phenoxy-isoquinolin-3-yl)carbonylamino]ethanoic acid / FG-4592 / Roxadustat


分子量: 352.341 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16N2O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→30 Å / Num. obs: 10873 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.272 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.285 / Χ2: 0.963 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.57-2.619.34.0325280.4421.3824.2680.93199.6
2.61-2.669.85.0165180.4561.6595.2880.968100
2.66-2.7110.13.6375430.5561.1833.8290.923100
2.71-2.77113.1765160.6860.9933.330.914100
2.77-2.8311.22.9065280.7060.8973.0440.931100
2.83-2.8911.92.6575420.8550.7952.7760.96100
2.89-2.9712.52.2735330.8770.6632.3690.95100
2.97-3.0512.51.965300.8930.5712.0430.943100
3.05-3.1412.71.515420.9250.4391.5740.941100
3.14-3.2412.51.195270.930.3481.2410.935100
3.24-3.3512.10.7895530.9680.2350.8240.97100
3.35-3.4911.70.5675200.9730.170.5921.047100
3.49-3.6510.20.3915460.9660.1290.4131.07799.5
3.65-3.8412.30.3035420.9880.0890.3161.064100
3.84-4.0812.90.2175550.9890.0620.2261.019100
4.08-4.3912.50.165430.9950.0470.1671.04100
4.39-4.83120.1315560.9950.0390.1371.031100
4.83-5.5311.50.1265550.9950.0390.1320.922100
5.53-6.9510.10.1055730.9940.0340.1110.88699.8
6.95-308.40.0576230.9960.0220.0620.72499

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0230精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ACM

6acm
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.577→29.602 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2167 477 4.68 %
Rwork0.1842 --
obs0.1857 10192 93.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 103.76 Å2 / Biso mean: 41.8237 Å2 / Biso min: 16.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.577→29.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2019 0 26 41 2086
Biso mean--39.63 41.21 -
残基数----253
LS精密化 シェル解像度: 2.577→2.669 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 34 -
Rwork0.2035 688 -
obs-722 67.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44560.50550.22531.9885-0.20161.4879-0.04170.0114-0.0010.10030.00710.01450.0933-0.00310.00590.2276-0.0617-0.01380.20220.02560.2117-34.492616.7327.7578
25.6759-1.37073.69095.0393-1.09977.42450.23820.4151-0.2968-0.48760.2292-0.21540.18160.8499-0.23310.3647-0.02690.12780.35120.16310.5564-26.6649-0.5446-0.591
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 211:459)A211 - 459
2X-RAY DIFFRACTION2(chain C and resseq 741:751)C741 - 751

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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