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- PDB-6kk1: Structure of thermal-stabilised(M8) human GLP-1 receptor transmem... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6kk1 | ||||||
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Title | Structure of thermal-stabilised(M8) human GLP-1 receptor transmembrane domain | ||||||
![]() | Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Song, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Mutagenesis facilitated crystallization of GLP-1R. Authors: Xu, Y. / Wang, Y. / Wang, Y. / Liu, K. / Peng, Y. / Yao, D. / Tao, H. / Liu, H. / Song, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 348.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 283.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6kjvC ![]() 6kk7C ![]() 5vewS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 52567.238 Da / Num. of mol.: 2 Mutation: I196F,S225A,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion,R1011G,C1053T,C1096A,I1136R,I196F,S225A,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: HUMAN Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() Gene: GLP1R / Plasmid: Pfastbac / Cell (production host): SF9 / Cell line (production host): IPLB-Sf-21-AE Production host: ![]() References: UniProt: P43220, UniProt: P00720 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | ![]() Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.43 Å3/Da / Density % sol: 64 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase Details: 0.4-0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.2-6.6, 35-38% PEG400, 3% w/v aminohexanoic acid |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Jan 17, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.8→49.5 Å / Num. obs: 25859 / % possible obs: 77.9 % / Redundancy: 3.1 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 5.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.95 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3446 / CC1/2: 0.76 / % possible all: 70.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5VEW Resolution: 2.8→49.504 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / Phase error: 39.29
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 271.17 Å2 / Biso mean: 90.7109 Å2 / Biso min: 30.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→49.504 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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