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万見
- PDB-6kev: Reduced phosphoribulokinase from Synechococcus elongatus PCC 7942... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kev
タイトルReduced phosphoribulokinase from Synechococcus elongatus PCC 7942 complexed with adenosine diphosphate and glucose 6-phosphate
要素Phosphoribulokinaseホスホリブロキナーゼ
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / phosphoribulokinase (ホスホリブロキナーゼ) / adenosine diphosphate (アデノシン二リン酸) / glucose 6-phosphate (グルコース-6-リン酸)
機能・相同性
機能・相同性情報


ホスホリブロキナーゼ / phosphoribulokinase activity / carbohydrate metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphoribulokinase signature. / ホスホリブロキナーゼ / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / ホスホリブロキナーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5061389246 Å
データ登録者Yu, A. / Xie, Y. / Li, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31770778 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2020
タイトル: Photosynthetic Phosphoribulokinase Structures: Enzymatic Mechanisms and the Redox Regulation of the Calvin-Benson-Bassham Cycle.
著者: Yu, A. / Xie, Y. / Pan, X. / Zhang, H. / Cao, P. / Su, X. / Chang, W. / Li, M.
履歴
登録2019年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribulokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8624
ポリマ－39,0201
非ポリマー8423
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area650 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.415, 77.104, 94.405
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Phosphoribulokinase / ホスホリブロキナーゼ


分子量: 39020.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechococcus elongatus (strain PCC 7942) (バクテリア)
株: PCC 7942 / 遺伝子: Synpcc7942_0977 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q31PL2, ホスホリブロキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 糖 ChemComp-G6P / 6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / グルコ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Glcp6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT / ジチオトレイトール


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M magnesium chloride hexahydrate, 0.05 M MES monohydrate pH6.0, 15% v/v 2-propanol, 10mM adenosine diphosphate, 10mM glucose 6-phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.14 Å / Num. obs: 12171 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 43.7292263371 Å2 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Num. unique obs: 1187

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5061389246→29.1352375049 Å / SU ML: 0.298114043027 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34365868481 / 位相誤差: 24.4554813273
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222948224709 607 5.04027235739 %
Rwork0.189604799391 --
obs0.191333603136 12043 99.013401299 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.4564802544 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5061389246→29.1352375049 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2540 0 51 60 2651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00369208982722645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7318343946443588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.264225186544396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00350428408085460
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.5539645631010
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7582-3.15690.2649648090191480.2172237925912829X-RAY DIFFRACTION99.8993288591
3.1569-3.97570.2290585484171460.1902354476112874X-RAY DIFFRACTION99.8677248677

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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