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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kbi | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of ErbB3 N418Q mutant | |||||||||
要素 | Receptor tyrosine-protein kinase erbB-3 | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / Receptor protein (受容体) / tyrosine kinase (プロテインチロシンキナーゼ) / ErbB-3 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neuregulin binding / positive regulation of cardiac muscle tissue development / cranial nerve development / Schwann cell differentiation / neuregulin receptor activity / negative regulation of secretion / endocardial cushion development / ERBB3:ERBB2 complex / GRB7 events in ERBB2 signaling / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...neuregulin binding / positive regulation of cardiac muscle tissue development / cranial nerve development / Schwann cell differentiation / neuregulin receptor activity / negative regulation of secretion / endocardial cushion development / ERBB3:ERBB2 complex / GRB7 events in ERBB2 signaling / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / peripheral nervous system development / ErbB-3 class receptor binding / negative regulation of cell adhesion / negative regulation of motor neuron apoptotic process / motor neuron apoptotic process / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by ERBB4 / ERBB2 Regulates Cell Motility / growth factor binding / PI3K events in ERBB2 signaling / lateral plasma membrane / Schwann cell development / negative regulation of signal transduction / Signaling by ERBB2 / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / 髄鞘 / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / 神経発生 / SHC1 events in ERBB2 signaling / basal plasma membrane / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / wound healing / Signaling by ERBB2 KD Mutants / 受容体型チロシンキナーゼ / Downregulation of ERBB2 signaling / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transmembrane signaling receptor activity / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell population proliferation / heart development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein kinase activity / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / リン酸化 / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / シグナル伝達 / extracellular space / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Kato, K. / Yao, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of ErbB3 N418Q mutant 著者: Takahashi, M. / Kato, K. / Yao, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kbi.cif.gz | 233.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kbi.ent.gz | 187.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kbi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/6kbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kb/6kbi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68303.500 Da / 分子数: 2 / 変異: N418Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERBB3, HER3 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P21860, 受容体型チロシンキナーゼ #2: 多糖 | #3: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.81 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris buffer (pH 8.5) and 11% (w/v) PEG4000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 36623 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.7 % / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 11.4 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5774 / Rrim(I) all: 0.564 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1M6B 解像度: 3→46.623 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→46.623 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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