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Yorodumi- PDB-6jsb: Crystal structure of Heme binding protein HtaB from Corynebacteri... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jsb | ||||||
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Title | Crystal structure of Heme binding protein HtaB from Corynebacterium glutamicum | ||||||
Components | Hypothetical membrane protein | ||||||
Keywords | HEME-BINDING PROTEIN / heme / heme transport / METAL BINDING PROTEIN | ||||||
Function / homology | Htaa / Htaa / SOS response / membrane => GO:0016020 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hypothetical membrane protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Corynebacterium glutamicum (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.699 Å | ||||||
Authors | Muraki, N. / Aono, S. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: Chem.Commun.(Camb.) / Year: 2019 Title: Structural basis for the heme transfer reaction in heme uptake machinery from Corynebacteria. Authors: Muraki, N. / Kitatsuji, C. / Okamoto, Y. / Uchida, T. / Ishimori, K. / Aono, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6jsb.cif.gz | 180.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6jsb.ent.gz | 143 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6jsb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/6jsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/6jsb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6js9C 6jsaC 6jscC 6jsdC 6dsa S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 22178.283 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Corynebacterium glutamicum (strain ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025) (bacteria) Strain: ATCC 13032 / DSM 20300 / JCM 1318 / LMG 3730 / NCIMB 10025 Gene: Cgl0392 / Plasmid: pET22b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8NTB5 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.92 Å3/Da / Density % sol: 75.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 38 % 2-ethoxyethanol, 0.1 M Tris-HCl pH7.5, 0.05 M calcium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL44XU / Wavelength: 0.9 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 20, 2016 |
Radiation | Monochromator: Si(111) double-crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.699→38.091 Å / Num. obs: 94191 / % possible obs: 98.88 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 19.35 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 11.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.76 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 9232 / CC1/2: 0.946 / Rpim(I) all: 0.341 / Rrim(I) all: 0.66 / % possible all: 98.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6DSA 6dsa Resolution: 1.699→38.091 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.41
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.699→38.091 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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