[English] 日本語
Yorodumi- PDB-6jjt: Crystal structure of an enzyme from Penicillium herquei in condition1 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jjt | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of an enzyme from Penicillium herquei in condition1 | ||||||
Components | PhnH | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / prenyltransferase | ||||||
Function / homology | Lyases / lyase activity / CITRIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Hydroalkoxylation enzyme phnH Function and homology information | ||||||
Biological species | Penicillium herquei (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.33 Å | ||||||
Authors | Fen, Y. / Huang, J.W. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
Citation | Journal: Biochem.Biophys.Res.Commun. / Year: 2019 Title: Crystal structure and proposed mechanism of an enantioselective hydroalkoxylation enzyme from Penicillium herquei. Authors: Feng, Y. / Yu, X. / Huang, J.W. / Liu, W. / Li, Q. / Hu, Y. / Yang, Y. / Chen, Y. / Jin, J. / Li, H. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6jjt.cif.gz | 138 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6jjt.ent.gz | 104.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6jjt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/6jjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/6jjt | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 6jjsC 3c5oS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16045.906 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Penicillium herquei (fungus) / Gene: phnH / Plasmid: pET-46EK/LIC / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A1S6PUA4 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.27 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 33% PEG4000, 0.1 M tri-sodium citrate pH 5.6, 2% iso-propanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL15A1 / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Apr 26, 2018 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.33→25 Å / Num. obs: 117386 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 0.86 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 960923 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3C5O Resolution: 1.33→24.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 0.987 / SU ML: 0.041 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.061 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.113 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.33→24.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|