PDB-6jeg: Crystal structure of calcium free human gelsolin amyloid mutant G167R

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jeg

タイトル

Crystal structure of calcium free human gelsolin amyloid mutant G167R

要素

Gelsolin

キーワード

Actin Binding Protein /

gelsolin /

amyloidosis (アミロイドーシス) / calcium activation

機能・相同性

機能・相同性情報

striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering /

renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.975 Å

データ登録者

Zorgati, H. / Robinson, R.C.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: The role of gelsolin domain 3 in familial amyloidosis (Finnish type).
著者: Zorgati, H. / Larsson, M. / Ren, W. / Sim, A.Y.L. / Gettemans, J. / Grimes, J.M. / Li, W. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2019年2月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jeg.cif.gz	566.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jeg.ent.gz	470.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jeg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/6jeg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/6jeg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6jcoC 6jehC 3ffnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6jeh-d 6jco-d 6q9r-d 2xyo-d 30341 1azs-1 6wts-d 2v41-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (8) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Gelsolin

B: Gelsolin

ヘテロ分子

161 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	172.274, 172.274, 150.112
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	Gelsolin / / AGEL / Actin-depolymerizing factor / ADF / Brevin 分子量: 80605.266 Da / 分子数: 2 / 変異: G167R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06396
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 15% glycerol, 1.5M ammonium sulfate, 0.1M tris HCl, pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 105 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.97→19.78 Å / Num. obs: 45030 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 11.2 % / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.97→3.08 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FFN

3ffn

解像度: 2.975→19.78 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2372	2333	5.18 %
R_work	0.1981	-	-
obs	0.2001	45030	96.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.975→19.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11188	0	12	3	11203

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	11452
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.955	15509
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	23.579	4205
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1651
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2048

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9747-3.0352	0.2777	88	0.2618	1412	X-RAY DIFFRACTION	56
3.0352-3.101	0.3291	136	0.2637	2202	X-RAY DIFFRACTION	87
3.101-3.1728	0.2901	140	0.277	2534	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1728-3.2518	0.3333	121	0.2556	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2518-3.3393	0.2951	155	0.2385	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3393-3.4371	0.2671	145	0.2312	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4371-3.5474	0.3001	132	0.2298	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5474-3.6735	0.2649	124	0.2186	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6735-3.8195	0.2141	114	0.2013	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8195-3.992	0.244	154	0.1889	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.992-4.2006	0.2422	146	0.1853	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2006-4.4609	0.2001	130	0.1572	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4609-4.8008	0.2017	157	0.1636	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8008-5.2756	0.2201	146	0.1772	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2756-6.0201	0.2448	149	0.1959	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0201-7.5149	0.2248	141	0.2016	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
7.5149-19.7807	0.1726	155	0.1688	2768	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.072	-0.0429	0.6588	1.9412	0.6773	4.3753	-0.2391	-0.0967	0.001	0.2359	0.2121	0.2973	-0.3365	-0.2002	0.0325	0.6316	0.2681	-0.0092	0.3467	-0.0002	0.3927	44.8973	-16.7655	52.0697
2	0.4723	-0.7472	0.0571	2.8305	0.0918	1.4085	0.0904	0.4272	-0.2062	-0.4972	-0.1145	-0.1099	0.2788	0.3225	0.0247	0.5391	0.1264	0.0014	0.4326	-0.0119	0.4017	49.9886	-8.072	32.3647
3	1.8444	0.9171	-0.2678	5.0312	-1.1191	2.1786	-0.1142	0.2032	-0.0417	-0.6501	0.0797	0.2105	0.2614	0.1136	0.0158	0.3184	0.0992	-0.1351	0.2921	-0.0829	0.274	39.2829	18.5671	30.2491
4	2.0152	-0.0191	-0.9846	1.1909	0.8001	3.868	0.2773	-0.0839	-0.1895	0.3398	-0.2287	-0.2172	-0.2596	0.103	-0.0764	0.5519	-0.2167	-0.0232	0.3004	-0.0201	0.3927	35.2719	56.9135	60.2239
5	1.309	0.7839	1.2652	0.5869	1.0354	3.5784	0.4312	-0.1993	0.0608	0.123	-0.3033	0.1482	0.0139	-0.2273	-0.1521	0.5579	-0.0536	0.143	0.2751	0.0101	0.4866	22.9882	58.4064	60.1907
6	3.5381	0.2002	-0.9035	0.9703	-0.2996	1.1676	-0.0369	0.387	-0.7668	-0.0137	-0.1111	-0.0143	0.0478	-0.1652	0.1241	0.2979	0.0686	-0.0446	0.2535	-0.1283	0.3814	6.2984	36.8515	45.64
7	5.3409	0.4664	0.0977	2.0722	-0.174	2.303	0.0651	0.931	-0.3232	-0.2803	-0.1487	0.1128	0.0445	-0.2908	0.0912	0.2289	0.0797	0.0199	0.4128	-0.12	0.4175	5.0919	37.1514	42.5671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 240 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 241 through 410 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 411 through 755 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 28 through 182 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 183 through 341 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 342 through 489 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 490 through 755 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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