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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jah | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ABC transporter alpha-glycoside-binding protein in complex with glucose | ||||||
![]() | ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein![]() | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate-bindingsite / alpha-glycoside-binding protein / Ligand selection / Multi-substrate transporter / ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kanaujia, S.P. / Chandravanshi, M. / Gogoi, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and thermodynamic correlation illuminates the selective transport mechanism of disaccharide alpha-glycosides through ABC transporter. 著者: Chandravanshi, M. / Gogoi, P. / Kanaujia, S.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6j9wSC ![]() 6j9yC ![]() 6jadC ![]() 6jagC ![]() 6jaiC ![]() 6jalC ![]() 6jamC ![]() 6janC ![]() 6jaoC ![]() 6japC ![]() 6jaqC ![]() 6jarC ![]() 6jazC ![]() 6jb0C ![]() 6jb4C ![]() 6jbaC ![]() 6jbbC ![]() 6jbeC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A![](data/chem/img/GLC.gif)
![](data/chem/img/GLC.gif)
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 46168.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA0356 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() |
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#2: 糖 | ChemComp-GLC / ![]() |
-非ポリマー , 6種, 587分子 ![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/BA9.gif)
![](data/chem/img/BA6.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/BA9.gif)
![](data/chem/img/BA6.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-PEG / | ![]() #6: 化合物 | ChemComp-BA9 / | ![]() #7: 化合物 | ChemComp-BA6 / ( | #8: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.58 % / 解説: Tetragonal |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5 詳細: 0.05 M Citric Acid, 0.05 Bis-Tris Propane, 16% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年4月2日 / 詳細: VariMax HF |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.63→72.95 Å / Num. obs: 66385 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→8.92 Å / 冗長度: 15.9 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 3266 / CC1/2: 0.929 / Rpim(I) all: 0.239 / Rrim(I) all: 0.69 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 6J9W 解像度: 1.63→72.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 1.124 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.066 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.09 Å2 / Biso mean: 18.591 Å2 / Biso min: 8.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.63→72.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.629→1.671 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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