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Yorodumi- PDB-6j7m: Complex structure of the Pseudomonas aeruginosa rhamnosyltransfer... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6j7m | ||||||
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Title | Complex structure of the Pseudomonas aeruginosa rhamnosyltransferase EarP with the acceptor elongation factor EF-P | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / rhamnosyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein-arginine rhamnosyltransferase activity / Transferases; Glycosyltransferases; Hexosyltransferases / translation elongation factor activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.301 Å | ||||||
Authors | He, C. / Li, F. | ||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2019 Title: Complex Structure ofPseudomonas aeruginosaArginine Rhamnosyltransferase EarP with Its Acceptor Elongation Factor P. Authors: He, C. / Liu, N. / Li, F. / Jia, X. / Peng, H. / Liu, Y. / Xiao, Y. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6j7m.cif.gz | 443.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6j7m.ent.gz | 358.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6j7m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j7/6j7m | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6j7jSC 6j7kC 6j7lC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 45060.027 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: PA2852 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9HZZ1 #2: Protein | Mass: 23466.561 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (bacteria) / Strain: PAO1 / Gene: efp / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9HZZ2 #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 50.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 20% PEG8K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.988 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 22, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.988 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.3→40 Å / Num. obs: 59438 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 231937 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6J7J Resolution: 2.301→38.041 Å / SU ML: 0.29 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 25.11 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 134.28 Å2 / Biso mean: 47.6289 Å2 / Biso min: 16.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.301→38.041 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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