[日本語] English
万見
- PDB-6j6x: Crystal structure of apo GGTaseIII -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j6x
タイトルCrystal structure of apo GGTaseIII
要素
  • Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta
  • Protein prenyltransferase alpha subunit repeat-containing protein 1
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / lipid transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein prenyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type II / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / RAB geranylgeranylation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / 視覚 / protein modification process / small GTPase binding ...protein prenyltransferase activity / protein geranylgeranyltransferase type II / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / RAB geranylgeranylation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / 視覚 / protein modification process / small GTPase binding / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase and squalene oxidase repeat / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / グリコシルトランスフェラーゼ ...Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase and squalene oxidase repeat / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / グリコシルトランスフェラーゼ / Alpha/alpha barrel / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.962 Å
データ登録者Goto-Ito, S. / Yamagata, A. / Sato, Y. / Fukai, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyCREST JPMJCR12M5 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI 16K08574 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI 16H05148 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of apo GGTaseIII
著者: Goto-Ito, S. / Shirakawa, R. / Fukai, S.
履歴
登録2019年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protein prenyltransferase alpha subunit repeat-containing protein 1
B: Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8615
ポリマ－79,6012
非ポリマー2613
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area27170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.540, 88.540, 647.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 Protein prenyltransferase alpha subunit repeat-containing protein 1


分子量: 42228.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTAR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6K3
#2: タンパク質 Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Rab geranyl-geranyltransferase ...Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Rab geranyl-geranyltransferase subunit beta / Rab GGTase beta / Rab geranylgeranyltransferase subunit beta / Type II protein geranyl-geranyltransferase subunit beta


分子量: 37371.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABGGTB, GGTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53611, protein geranylgeranyltransferase type II
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.04M MgCl2, 0.05M NaCacodylate pH 6, 5% MPD, 8mM CHAPS

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.044 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.044 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→50 Å / Num. obs: 33185 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 69.8 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 2.96→3.01 Å / 冗長度: 59.5 % / Rmerge(I) obs: 1.848 / Num. unique obs: 1568 / CC1/2: 0.578 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DSS, 1DCE

3dss

1dce


解像度: 2.962→49.475 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 29.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2975 1565 4.74 %
Rwork0.2659 --
obs0.2674 32986 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.962→49.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4664 0 17 0 4681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5176499
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3341739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.02719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002817
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9619-3.05750.38171530.3432732X-RAY DIFFRACTION100
3.0575-3.16680.34771350.32912799X-RAY DIFFRACTION100
3.1668-3.29360.34521320.31532767X-RAY DIFFRACTION100
3.2936-3.44340.30191420.28912779X-RAY DIFFRACTION100
3.4434-3.62490.29481270.27762797X-RAY DIFFRACTION100
3.6249-3.8520.29361410.28072845X-RAY DIFFRACTION100
3.852-4.14920.26371280.27092832X-RAY DIFFRACTION100
4.1492-4.56650.26971510.25362838X-RAY DIFFRACTION100
4.5665-5.22670.28791470.25972906X-RAY DIFFRACTION100
5.2267-6.58260.34151590.29242927X-RAY DIFFRACTION100
6.5826-49.48150.27851500.22783199X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る