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- PDB-6j28: Crystal structure of the branched-chain polyamine synthase C9 mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j28
タイトルCrystal structure of the branched-chain polyamine synthase C9 mutein from Thermus thermophilus (Tth-BpsA C9) in complex with N4-aminopropylspermidine and 5'-methylthioadenosine
要素N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / POLYAMINE BIOSYNTHESIS / SPERMIDINE (スペルミジン) / BRANCHED POLYAMINES
機能・相同性
機能・相同性情報


N4-bis(aminopropyl)spermidine synthase / polyamine biosynthetic process / transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / 細胞質
類似検索 - 分子機能
N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase, C-terminal / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A C-terminal domain / Vaccinia Virus protein VP39 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / N,N-bis(3-aminopropyl)butane-1,4-diamine / N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mizohata, E. / Toyoda, M. / Fujita, J. / Inoue, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJPR17GB 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: The C-terminal flexible region of branched-chain polyamine synthase facilitates substrate specificity and catalysis.
著者: Hidese, R. / Toyoda, M. / Yoshino, K.I. / Fukuda, W. / Wihardja, G.A. / Kimura, S. / Fujita, J. / Niitsu, M. / Oshima, T. / Imanaka, T. / Mizohata, E. / Fujiwara, S.
履歴
登録2018年12月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
B: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
C: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
D: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,63317
ポリマ－166,9374
非ポリマー2,69613
水8,989499
1
A: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
C: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7198
ポリマ－83,4692
非ポリマー1,2506
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
2
B: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
D: N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9149
ポリマ－83,4692
非ポリマー1,4467
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area24050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.777, 158.518, 72.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
N(4)-bis(aminopropyl)spermidine synthase / Branched-chain polyamine synthase A


分子量: 41734.344 Da / 分子数: 4 / 変異: C-term mutation / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (サーマス・サーモフィルス)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: bpsA, TT_C0171 / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Star(DE3)
参照: UniProt: Q72L89, N4-bis(aminopropyl)spermidine synthase

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非ポリマー , 5種, 512分子

#2: 化合物
ChemComp-N4P / N,N-bis(3-aminopropyl)butane-1,4-diamine / N4-aminopropylspermidine / ビス(3-アミノプロピル)(4-アミノブチル)アミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物
ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン / 5′-Methylthioadenosine


分子量: 297.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細UNP residues 346-353 QDEEATTY were mutated to YDDEESSTT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Reservoir 0.02 M sodium chloride, 0.05 M MES pH 5.5, 14%(v/v) PEG 350MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 106347 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-2000データ削減
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→49.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 4.725 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.168 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25409 5285 5 %RANDOM
Rwork0.19987 ---
obs0.20254 101022 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.109 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10912 0 174 499 11585
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01911487
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9071.98315649
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.222325439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.62451408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.21122.244557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.165151826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.59315146
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21699
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02112906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8522.1775548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8512.1765547
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6863.256936
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6863.2516937
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4472.5385939
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4482.5385939
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8453.6798698
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.41525.99413172
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.41525.99313172
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.904→1.953 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 444 -
Rwork0.305 7133 -
obs--96.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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