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- PDB-6j14: Complex structure of GY-14 and PD-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j14
タイトルComplex structure of GY-14 and PD-1
要素
  • GY-14 heavy chain V fragment
  • GY-14 light chain V fragment
  • Programmed cell death protein 1PD-1
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / tumor immunotherapy / complex structure / FG loop
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 ...negative regulation of tolerance induction / regulatory T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / negative regulation of immune response / positive regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of B cell apoptotic process / 液性免疫 / PD-1 signaling / regulation of immune response / 獲得免疫系 / Potential therapeutics for SARS / external side of plasma membrane / apoptotic process / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 ...PD-1 / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chen, D. / Tan, S. / Whang, H. / Zhang, H. / Chai, Y. / Qi, J. / Yan, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Iscience / 年: 2019
タイトル: The FG Loop of PD-1 Serves as a "Hotspot" for Therapeutic Monoclonal Antibodies in Tumor Immune Checkpoint Therapy.
著者: Chen, D. / Tan, S. / Zhang, H. / Wang, H. / He, W. / Shi, R. / Tong, Z. / Zhu, J. / Cheng, H. / Gao, S. / Chai, Y. / Qi, J. / Xiao, M. / Yan, J. / Gao, G.F.
履歴
登録2018年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GY-14 heavy chain V fragment
B: GY-14 light chain V fragment
G: Programmed cell death protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4593
ポリマ－38,4593
非ポリマー00
水7,062392
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.422, 75.679, 55.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 GY-14 heavy chain V fragment


分子量: 13149.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#2: 抗体 GY-14 light chain V fragment


分子量: 12421.966 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#3: タンパク質 Programmed cell death protein 1 / PD-1 / hPD-1


分子量: 12887.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDCD1, PD1
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q15116
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5
詳細: 0.06 M MgCl2, CaCl2, 0.1 M imidazole-MES (pH 6.5), 18% v/v ethylene glycol and polyethylene glycol 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 66956 / % possible obs: 97.07 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 7.69
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RRQ,3EYQ

3rrq

3eyq


解像度: 1.4→44.032 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 3350 5 %
Rwork0.1876 --
obs0.1889 66956 97.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→44.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 0 0 392 2922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072633
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9333577
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.45963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006457
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3989-1.41890.23371330.21362513X-RAY DIFFRACTION94
1.4189-1.44010.21200.20042615X-RAY DIFFRACTION95
1.4401-1.46260.22211380.19532592X-RAY DIFFRACTION96
1.4626-1.48660.21021670.19632544X-RAY DIFFRACTION96
1.4866-1.51220.23671470.19242614X-RAY DIFFRACTION95
1.5122-1.53970.24821210.19482652X-RAY DIFFRACTION96
1.5397-1.56930.23271550.19342573X-RAY DIFFRACTION96
1.5693-1.60140.19751650.18492611X-RAY DIFFRACTION96
1.6014-1.63620.21051380.18642612X-RAY DIFFRACTION97
1.6362-1.67420.22231540.192650X-RAY DIFFRACTION97
1.6742-1.71610.23651260.19382641X-RAY DIFFRACTION97
1.7161-1.76250.22191380.19092611X-RAY DIFFRACTION97
1.7625-1.81440.21781420.19092672X-RAY DIFFRACTION97
1.8144-1.87290.22621420.18812640X-RAY DIFFRACTION97
1.8729-1.93990.24131290.19092659X-RAY DIFFRACTION97
1.9399-2.01760.2171500.18352654X-RAY DIFFRACTION98
2.0176-2.10940.2161390.17992672X-RAY DIFFRACTION98
2.1094-2.22060.19581350.18242685X-RAY DIFFRACTION98
2.2206-2.35970.24161430.18832684X-RAY DIFFRACTION98
2.3597-2.54190.21561550.19852713X-RAY DIFFRACTION98
2.5419-2.79760.23051260.19592718X-RAY DIFFRACTION99
2.7976-3.20240.22071260.18952717X-RAY DIFFRACTION99
3.2024-4.03420.17331340.17872762X-RAY DIFFRACTION99
4.0342-44.05390.21661270.18032802X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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