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- PDB-6itt: Crystal structure of unactivated c-KIT in complex with compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6itt
タイトルCrystal structure of unactivated c-KIT in complex with compound
要素Mast/stem cell growth factor receptor Kit
キーワードONCOPROTEIN (がん遺伝子) / Receptor tyrosine kinase DFG motif conformational control inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants ...Dasatinib-resistant KIT mutants / Imatinib-resistant KIT mutants / KIT mutants bind TKIs / Masitinib-resistant KIT mutants / Nilotinib-resistant KIT mutants / Regorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by kinase domain mutants of KIT / Sunitinib-resistant KIT mutants / Signaling by juxtamembrane domain KIT mutants / Sorafenib-resistant KIT mutants / Signaling by extracellular domain mutants of KIT / stem cell factor receptor activity / hematopoietic stem cell migration / melanocyte adhesion / positive regulation of pyloric antrum smooth muscle contraction / positive regulation of colon smooth muscle contraction / erythropoietin-mediated signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / melanocyte migration / positive regulation of dendritic cell cytokine production / Kit signaling pathway / regulation of bile acid metabolic process / positive regulation of small intestine smooth muscle contraction / mast cell differentiation / positive regulation of mast cell proliferation / mast cell chemotaxis / Fc receptor signaling pathway / glycosphingolipid metabolic process / mast cell proliferation / positive regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / positive regulation of pseudopodium assembly / positive regulation of mast cell cytokine production / immature B cell differentiation / melanocyte differentiation / germ cell migration / lymphoid progenitor cell differentiation / myeloid progenitor cell differentiation / digestive tract development / negative regulation of programmed cell death / embryonic hemopoiesis / lamellipodium assembly / 顔料 / tongue development / megakaryocyte development / Regulation of KIT signaling / mast cell degranulation / stem cell population maintenance / positive regulation of Notch signaling pathway / cytokine binding / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / spermatid development / growth factor binding / somatic stem cell population maintenance / 造血 / T cell differentiation / ectopic germ cell programmed cell death / hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of phospholipase C activity / response to cadmium ion / ovarian follicle development / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / SH2 domain binding / cell chemotaxis / B cell differentiation / 赤血球形成 / acrosomal vesicle / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / epithelial cell proliferation / 細胞分化 / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / visual learning / Signaling by SCF-KIT / cytoplasmic side of plasma membrane / 受容体型チロシンキナーゼ / 核小体 / cytokine-mediated signaling pathway / male gonad development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / cell-cell junction / PIP3 activates AKT signaling / regulation of cell population proliferation / regulation of cell shape / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / actin cytoskeleton organization / RAF/MAP kinase cascade / 精子形成 / protein tyrosine kinase activity / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / 炎症
類似検索 - 分子機能
Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Mast/stem cell growth factor receptor / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AWO / Mast/stem cell growth factor receptor Kit
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.103 Å
データ登録者Wu, T.S. / Wu, S.Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of unactivated c-KIT in complex with compound
著者: Wu, T.S. / Wu, S.Y.
履歴
登録2018年11月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
B: Mast/stem cell growth factor receptor Kit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3704
ポリマ－75,3392
非ポリマー1,0312
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area28760 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.629, 63.087, 196.812
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mast/stem cell growth factor receptor Kit / SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c- ...SCFR / Piebald trait protein / PBT / Proto-oncogene c-Kit / Tyrosine-protein kinase Kit / p145 c-kit / v-kit Hardy-Zuckerman 4 feline sarcoma viral oncogene homolog


分子量: 37669.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: kinase domain, residue 547-693 and 754-935 from UNP P10721, linked with TS
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIT, SCFR / プラスミド: Baculovirus / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10721, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-AWO / N-(5-ethyl-1,2-oxazol-3-yl)-N'-[4-(2-{[6-(4-ethylpyrazin-1(4H)-yl)pyrimidin-4-yl]amino}-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]urea


分子量: 515.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H25N9O2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 3350, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 3% ethylene glycol, 2% benzamidine hydrochloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 45999 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 36.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.068 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.183.50.59645480.7610.3650.7011.054100
2.18-2.263.50.46645320.8160.2890.551.08699.9
2.26-2.373.50.30145400.920.1850.3551.085100
2.37-2.493.50.21245880.9550.130.2491.062100
2.49-2.653.50.15645590.9730.0960.1841.068100
2.65-2.853.50.11646090.9840.0720.1361.07699.9
2.85-3.143.50.07346040.9930.0450.0861.07599.9
3.14-3.593.50.04446110.9960.0280.0521.05799.7
3.59-4.523.30.03546640.9980.0220.0411.06799
4.52-303.30.02447440.9990.0150.0281.03396.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIXdev_2621精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化解像度: 2.103→28.428 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.02
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2346 2011 4.38 %
Rwork0.1862 --
obs0.1883 45932 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 160.47 Å2 / Biso mean: 57.5929 Å2 / Biso min: 23.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.103→28.428 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4754 0 74 235 5063
Biso mean--48.5 51.28 -
残基数----598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9766699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054723
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006845
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3033516
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1028-2.15530.311360.26683028316497
2.1553-2.21360.29321450.239330553200100
2.2136-2.27870.29751390.242331313270100
2.2787-2.35220.26391400.215731223262100
2.3522-2.43630.25211440.214731373281100
2.4363-2.53370.29471370.204931193256100
2.5337-2.6490.26021430.211631203263100
2.649-2.78850.26751440.212531333277100
2.7885-2.96310.27621450.214731623307100
2.9631-3.19160.25461460.203531443290100
3.1916-3.51220.24781470.186631633310100
3.5122-4.01920.21411420.16443166330899
4.0192-5.05910.18791530.14693190334399
5.0591-28.43070.19511500.16623251340196
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3987-0.10530.74761.39010.11383.74820.04240.3610.1838-1.1407-0.16220.5761-0.4054-0.13090.15430.81110.0072-0.27090.2636-0.02410.4328-31.7142-2.2658-50.4554
27.49216.06235.12716.16655.41724.76640.1331-0.1235-0.3171-0.03880.3191-0.9434-0.10451.0189-0.43210.5091-0.0747-0.01720.4656-0.01640.3541-13.9192-5.1548-41.0722
35.6330.3838-2.61722.3622-2.12213.2243-0.65450.0661-0.82530.108-0.2738-0.35960.4318-0.09420.86010.45580.034-0.04770.5807-0.22250.954210.99569.0192-7.3935
41.0078-0.16290.39480.748-0.81992.1109-0.6881.0056-0.2161-0.94130.6007-0.9503-0.30631.12450.05730.6634-0.52710.30731.1571-0.25280.7086.503115.2738-27.9381
56.11093.68980.45355.18080.47813.7848-0.5390.67820.1278-0.80780.34050.5167-0.6803-0.02920.20460.4717-0.1635-0.10620.4378-0.00830.3477-14.461914.8777-23.574
61.61991.84322.80684.82921.79815.6807-0.08120.2682-0.3569-0.11220.2090.10810.31130.0521-0.08580.2601-0.09910.05230.3592-0.11940.2848-14.04495.1225-14.8939
72.33071.12140.39582.74891.5262.4107-0.29550.0760.3156-0.38220.411-0.2096-0.50860.6354-0.06160.2963-0.1364-0.0090.449-0.1180.3802-6.186819.2381-10.7074
83.31291.4056-1.52414.7166-1.26592.2917-0.0077-0.37560.8991-0.0418-0.14681.0647-0.4265-0.10860.15130.23710.0233-0.06780.4054-0.17960.5866-17.770423.5576-2.0295
96.52392.8022.65322.27973.35546.92010.1992-0.476-0.04630.5991-0.08830.14650.4485-0.022-0.1080.25530.0440.01280.3781-0.07760.2734-12.960110.27131.3213
109.2464.9973.05838.22773.21882.1671-0.37230.8193-1.38230.26210.3365-0.22630.95080.1789-0.02680.44650.00260.08730.4914-0.12130.5272-14.2497-1.1297-6.9705
111.81281.39550.06474.64620.83793.29590.516-0.619-0.2590.419-0.37250.21411.0804-0.3676-0.15260.9202-0.2701-0.17660.63010.09190.5376-34.7398-23.4469-24.8029
124.4882-2.71091.64865.8311-0.66585.68670.1794-1.33250.32281.6296-0.5502-0.22780.49940.02710.10861.1644-0.5647-0.02641.03360.11440.5664-32.1246-16.0276-11.8665
134.07012.2687-0.90342.9319-0.11221.03690.4147-0.4873-0.06110.4879-0.40950.3930.9993-0.50640.01430.865-0.4338-0.14520.61090.05640.5384-36.1804-21.3965-24.2083
145.5832.21350.47881.42971.70024.04610.2509-0.51340.77870.2115-0.68920.6606-0.245-0.42690.37960.4118-0.1202-0.04030.4224-0.15490.4694-31.7148-0.9074-26.4426
154.86542.88981.43075.85982.35114.52940.2055-0.17560.30430.2938-0.2248-0.1819-0.17250.31120.01960.3782-0.0907-0.11080.29410.02270.2516-20.8941-2.6022-34.2786
161.49910.98070.81053.43760.61664.11390.3599-0.32810.0002-0.171-0.23210.65730.4636-0.7733-0.10750.4217-0.1531-0.12760.4097-0.03460.5293-37.3906-10.0183-35.7002
174.36063.6492.70415.42913.20383.29610.1491-0.0444-0.0007-0.4139-0.27380.60220.0557-0.16860.10160.5364-0.0287-0.17810.2234-0.02030.3997-32.2208-10.4736-45.7514
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 864 through 916 )B864 - 916
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 917 through 932 )B917 - 932
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 563 through 579 )A563 - 579
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 580 through 666 )A580 - 666
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 667 through 759 )A667 - 759
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 760 through 786 )A760 - 786
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 787 through 863 )A787 - 863
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 864 through 896 )A864 - 896
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 897 through 916 )A897 - 916
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 917 through 932 )A917 - 932
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 566 through 600 )B566 - 600
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 601 through 616 )B601 - 616
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 617 through 666 )B617 - 666
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 667 through 758 )B667 - 758
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 759 through 786 )B759 - 786
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 787 through 837 )B787 - 837
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 838 through 863 )B838 - 863

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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