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- PDB-6isp: structure of Candida antarctica Lipase B mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6isp
タイトルstructure of Candida antarctica Lipase B mutant
要素Lipase B
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / calb
機能・相同性トリアシルグリセロールリパーゼ / triglyceride lipase activity / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Lipase B
機能・相同性情報
生物種Pseudozyma antarctica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Cen, Y.X. / Zhou, J.H. / Wu, Q.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Artificial cysteine-lipases with high activity and altered catalytic mechanism created by laboratory evolution.
著者: Cen, Y. / Singh, W. / Arkin, M. / Moody, T.S. / Huang, M. / Zhou, J. / Wu, Q. / Reetz, M.T.
履歴
登録2018年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Lipase B
A: Lipase B
C: Lipase B
B: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,26517
ポリマ－133,7034
非ポリマー9,56313
水22,1221228
1
D: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1503
ポリマ－33,4261
非ポリマー1,7242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
2
A: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9146
ポリマ－33,4261
非ポリマー3,4885
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
3
C: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0124
ポリマ－33,4261
非ポリマー2,5863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area13350 Å2
手法PISA
4
B: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1904
ポリマ－33,4261
非ポリマー1,7643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.980, 155.970, 92.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Lipase B / CALB


分子量: 33425.672 Da / 分子数: 4 / 変異: T57A, A89T, W104V, V149G, A281Y, A282Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudozyma antarctica (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P41365, トリアシルグリセロールリパーゼ
#2: 化合物
ChemComp-CPQ / N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE / DEOXY-BIGCHAP / デオキシBiGCHAP


分子量: 862.056 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H75N3O15 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: calcium acetate 0.2 M HEPES 0.1 M pH 7.5 PEG8000 12% Deoxy-BigCHAP 1.4 mM

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→46.265 Å / Num. obs: 106440 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.993 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5225 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TCA

1tca


解像度: 1.88→46.265 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 5490 5.16 %
Rwork0.2135 --
obs0.2152 106351 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→46.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9317 0 366 1228 10911
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92413774
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8436067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061741
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8801-1.91250.27432800.30064984X-RAY DIFFRACTION94
1.9125-1.94730.31872610.28435083X-RAY DIFFRACTION95
1.9473-1.98470.24422740.26915033X-RAY DIFFRACTION94
1.9847-2.02520.31562740.26835050X-RAY DIFFRACTION94
2.0252-2.06920.28242640.25825061X-RAY DIFFRACTION94
2.0692-2.11730.26982550.25165012X-RAY DIFFRACTION93
2.1173-2.17030.28362660.24084898X-RAY DIFFRACTION91
2.1703-2.22890.25392750.23875115X-RAY DIFFRACTION95
2.2289-2.29450.28342800.23585025X-RAY DIFFRACTION94
2.2945-2.36850.23342900.23185106X-RAY DIFFRACTION94
2.3685-2.4530.29022840.22865039X-RAY DIFFRACTION94
2.453-2.55120.2232520.22615078X-RAY DIFFRACTION95
2.5512-2.66710.25392600.23155070X-RAY DIFFRACTION94
2.6671-2.80760.22952870.21825076X-RAY DIFFRACTION94
2.8076-2.98320.23932970.21785001X-RAY DIFFRACTION93
2.9832-3.21310.23712750.20664831X-RAY DIFFRACTION90
3.2131-3.53570.21172730.18755125X-RAY DIFFRACTION94
3.5357-4.04540.2012830.18085060X-RAY DIFFRACTION94
4.0454-5.08980.21252610.16645146X-RAY DIFFRACTION94
5.0898-25.02130.22732520.19945054X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.0068 Å / Origin y: 1.7143 Å / Origin z: 22.8803 Å
111213212223313233
T0.1193 Å2-0.008 Å20.0099 Å2-0.1831 Å2-0.0211 Å2--0.2485 Å2
L0.1488 °2-0.0341 °20.127 °2-0.0837 °2-0.0936 °2--0.3296 °2
S0.0055 Å °0.0297 Å °-0.0255 Å °-0.0043 Å °0.0109 Å °-0.0073 Å °0.0095 Å °-0.0238 Å °-0.0158 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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