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- PDB-6ica: The crystal structure of Legionella pneumophila LapA aminopeptidase -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ica | |||||||||
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Title | The crystal structure of Legionella pneumophila LapA aminopeptidase | |||||||||
![]() | Aminopeptidase![]() | |||||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Function / homology | Peptidase M28 family / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Honghua, G. / Nannan, Z. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The crystal structure of Legionella pneumophila LapA aminopeptidase Authors: Honghua, G. / Nannan, Z. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 460.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 377.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5gneS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | ![]() Mass: 48227.312 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / Gene: lpg2814 / Production host: ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 666 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / ![]() #3: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | ![]() #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.13 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M Ammonium sulfate, 20% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 24, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.195→50 Å / Num. obs: 69504 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.3 % / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 13 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.27 Å / Num. unique obs: 3400 / CC1/2: 0.829 / Rpim(I) all: 0.247 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 5GNE Resolution: 2.195→34.518 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.17
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.195→34.518 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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