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- PDB-6i9j: Human transforming growth factor beta2 in a tetragonal crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9j
タイトルHuman transforming growth factor beta2 in a tetragonal crystal form
要素Transforming growth factor beta-2 proprotein
キーワードCYTOKINE (サイトカイン) / growth factor (成長因子) / cysteine-knot cytokines / small proteins / TGF-beta2 / cell growth
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / substantia propria of cornea development / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / ascending aorta morphogenesis / uterine wall breakdown / cardioblast differentiation / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis ...regulation of timing of catagen / regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / substantia propria of cornea development / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / ascending aorta morphogenesis / uterine wall breakdown / cardioblast differentiation / positive regulation of timing of catagen / positive regulation of cardioblast differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / pharyngeal arch artery morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / regulation of transforming growth factor beta2 production / atrial septum morphogenesis / positive regulation of heart contraction / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / negative regulation of macrophage cytokine production / signaling / secondary palate development / glial cell migration / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / somatic stem cell division / heart valve morphogenesis / endocardial cushion fusion / atrial septum primum morphogenesis / membranous septum morphogenesis / positive regulation of integrin biosynthetic process / cardiac epithelial to mesenchymal transition / eye development / cranial skeletal system development / neural retina development / embryonic digestive tract development / transforming growth factor beta receptor binding / type II transforming growth factor beta receptor binding / pulmonary valve morphogenesis / outflow tract septum morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / cell-cell junction organization / negative regulation of Ras protein signal transduction / collagen fibril organization / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / embryonic limb morphogenesis / embryo development ending in birth or egg hatching / dopamine biosynthetic process / 歯の発生 / Molecules associated with elastic fibres / atrioventricular valve morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / endocardial cushion morphogenesis / generation of neurons / hair follicle morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of epithelial cell migration / positive regulation of Notch signaling pathway / activation of protein kinase activity / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / uterus development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / inner ear development / 造血 / positive regulation of cell division / hair follicle development / ECM proteoglycans / neuron development / 上皮間葉転換 / positive regulation of cell cycle / salivary gland morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / 好中球 / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / skeletal system development / kidney development / response to progesterone / cytokine activity / neural tube closure / positive regulation of protein secretion / growth factor activity / wound healing / cell morphogenesis / negative regulation of cell growth / positive regulation of miRNA transcription / response to wounding / negative regulation of epithelial cell proliferation / male gonad development / positive regulation of immune response / positive regulation of neuron apoptotic process / 遊走 / Platelet degranulation / heart development / amyloid-beta binding / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell growth / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / response to hypoxia
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-2 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-2 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-2 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gomis-Ruth, F.X. / Marino-Puertas, L. / del Amo-Maestro, L. / Goulas, T.
引用
ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Recombinant production, purification, crystallization, and structure analysis of human transforming growth factor beta 2 in a new conformation.
著者: Del Amo-Maestro, L. / Marino-Puertas, L. / Goulas, T. / Gomis-Ruth, F.X.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: An unusual feature revealed by the crystal structure at 2.2 A resolution of human transforming growth factor-beta 2.
著者: Schlunegger, M.P. / Grutter, M.G.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1992
タイトル: Crystal structure of transforming growth factor-beta 2: an unusual fold for the superfamily.
著者: Daopin, S. / Piez, K.A. / Ogawa, Y. / Davies, D.R.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Structures of a pan-specific antagonist antibody complexed to different isoforms of TGFbeta reveal structural plasticity of antibody-antigen interactions.
著者: Moulin, A. / Mathieu, M. / Lawrence, C. / Bigelow, R. / Levine, M. / Hamel, C. / Marquette, J.P. / Le Parc, J. / Loux, C. / Ferrari, P. / Capdevila, C. / Dumas, J. / Dumas, B. / Rak, A. / ...著者: Moulin, A. / Mathieu, M. / Lawrence, C. / Bigelow, R. / Levine, M. / Hamel, C. / Marquette, J.P. / Le Parc, J. / Loux, C. / Ferrari, P. / Capdevila, C. / Dumas, J. / Dumas, B. / Rak, A. / Bird, J. / Qiu, H. / Pan, C.Q. / Edmunds, T. / Wei, R.R.
#4: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: An engineered transforming growth factor beta (TGF-beta) monomer that functions as a dominant negative to block TGF-beta signaling.
著者: Kim, S.K. / Barron, L. / Hinck, C.S. / Petrunak, E.M. / Cano, K.E. / Thangirala, A. / Iskra, B. / Brothers, M. / Vonberg, M. / Leal, B. / Richter, B. / Kodali, R. / Taylor, A.B. / Du, S. / ...著者: Kim, S.K. / Barron, L. / Hinck, C.S. / Petrunak, E.M. / Cano, K.E. / Thangirala, A. / Iskra, B. / Brothers, M. / Vonberg, M. / Leal, B. / Richter, B. / Kodali, R. / Taylor, A.B. / Du, S. / Barnes, C.O. / Sulea, T. / Calero, G. / Hart, P.J. / Hart, M.J. / Demeler, B. / Hinck, A.P.
#5: ジャーナル: Nat Methods / 年: 2017
タイトル: Atomic-resolution structures from fragmented protein crystals with the cryoEM method MicroED.
著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P ...著者: M Jason de la Cruz / Johan Hattne / Dan Shi / Paul Seidler / Jose Rodriguez / Francis E Reyes / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Simon C Weiss / Sun Kyung Kim / Cynthia S Hinck / Andrew P Hinck / Guillermo Calero / David Eisenberg / Tamir Gonen /
要旨: Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from ...Traditionally, crystallographic analysis of macromolecules has depended on large, well-ordered crystals, which often require significant effort to obtain. Even sizable crystals sometimes suffer from pathologies that render them inappropriate for high-resolution structure determination. Here we show that fragmentation of large, imperfect crystals into microcrystals or nanocrystals can provide a simple path for high-resolution structure determination by the cryoEM method MicroED and potentially by serial femtosecond crystallography.
履歴
登録2018年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta-2 proprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7331
ポリマ－12,7331
非ポリマー00
水41423
1
A: Transforming growth factor beta-2 proprotein

A: Transforming growth factor beta-2 proprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4652
ポリマ－25,4652
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area12420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.570, 55.570, 70.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta-2 proprotein / Cetermin / Glioblastoma-derived T-cell suppressor factor / G-TSF


分子量: 12732.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGFB2 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F TM cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61812
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.51 % / 解説: tetragonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 20% isopropanol, 0.2M calcium chloride, 0.1M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→70.6 Å / Num. obs: 7919 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.3 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 24.8 % / Rmerge(I) obs: 2.495 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.87 / Rrim(I) all: 2.546 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2TGI

2tgi


解像度: 2→43.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU R Cruickshank DPI: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.211 / SU Rfree Blow DPI: 0.175 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.171
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 407 5.14 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.218 7918 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.9235 Å20 Å20 Å2
2---8.9235 Å20 Å2
3---17.8471 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→43.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 0 23 913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01919HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.181254HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d305SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes152HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it919HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.67
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.65
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion119SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1047SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2→2.04 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2753 -2.78 %
Rwork0.2524 385 -
all0.2528 396 -
obs--99.49 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.5866 Å / Origin y: 12.9136 Å / Origin z: 8.6135 Å
111213212223313233
T0.1411 Å20.053 Å20.0021 Å2-0.0624 Å2-0.0082 Å2--0.0648 Å2
L1.9077 °2-1.1678 °2-1.7821 °2-0.3884 °20.9384 °2--2.258 °2
S-0.2523 Å °0.0055 Å °-0.1239 Å °0.0937 Å °0.1246 Å °0.0758 Å °0.3283 Å °0.1288 Å °0.1277 Å °
精密化 TLSグループSelection details: {A|303 - 414}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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