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- PDB-6i96: Structure of the ferrioxamine B transporter FoxA from Pseudomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i96
タイトルStructure of the ferrioxamine B transporter FoxA from Pseudomonas aeruginosa in complex with ferrioxamine B
要素Ferric hydroxamate uptake
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / outer membrane iron
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / outer membrane / cell outer membrane / signaling receptor activity / cell surface receptor signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / TonB-dependent siderophore receptor / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferrioxamine B / Ferrichrome-iron receptor / Ferrioxamine receptor FoxA
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Josts, I. / Tidow, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Ternary structure of the outer membrane transporter FoxA with resolved signalling domain provides insights into TonB-mediated siderophore uptake.
著者: Josts, I. / Veith, K. / Tidow, H.
履歴
登録2018年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferric hydroxamate uptake
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,18529
ポリマ－75,4221
非ポリマー5,76428
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8980 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area26370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.890, 94.890, 177.612
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 14分子 A

#1: タンパク質 Ferric hydroxamate uptake / Ferrichrome-iron receptor / Ferrioxamine receptor FoxA / TonB-dependent siderophore receptor


分子量: 75421.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: fhuA, fhuA_5, C0044_18480, CAZ10_13360, CCBH4851_00003, DZ940_30305, EGY23_22030, PAERUG_E15_London_28_01_14_03466
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C7CQY7, UniProt: Q9I116*PLUS
#3: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 5種, 272分子

#2: 化合物 ChemComp-0UE / Ferrioxamine B


分子量: 613.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H45FeN6O8
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.8M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→82.18 Å / Num. obs: 79352 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 17 % / CC1/2: 0.988 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1.288 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4129 / CC1/2: 0.279 / Rrim(I) all: 1.449 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→82.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 7.256 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.116
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2191 3949 5 %RANDOM
Rwork0.1811 ---
obs0.183 75099 99.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 135.87 Å2 / Biso mean: 48.723 Å2 / Biso min: 26.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.26 Å20.63 Å20 Å2
2--1.26 Å20 Å2
3----4.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→82.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5325 0 363 257 5945
Biso mean--81.76 47.78 -
残基数----677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0195803
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1832.0037833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.352312091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3145676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.13424.143280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.18615858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1661535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1970.2851
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.026259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021188
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 278 -
Rwork0.409 5174 -
all-5452 -
obs--92.93 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.267 Å / Origin y: 33.4176 Å / Origin z: 18.1903 Å
111213212223313233
T0.0418 Å2-0.024 Å20.0101 Å2-0.1306 Å2-0.0232 Å2--0.0397 Å2
L0.9106 °2-0.0083 °2-0.5246 °2-0.3533 °20.0427 °2--1.0833 °2
S-0.0674 Å °0.0237 Å °-0.1395 Å °-0.0495 Å °-0.0743 Å °0.0729 Å °0.1588 Å °-0.0211 Å °0.1417 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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