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- PDB-6i7v: Ribosomal protein paralogs bL31 and bL36 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i7v
タイトルRibosomal protein paralogs bL31 and bL36
要素
  • (16S ribosomal ...リボソーム) x 2
  • (30S ribosomal protein ...) x 21
  • (50S ribosomal protein ...) x 31
  • 23S ribosomal RNA23SリボソームRNA
  • 23S ribsomal RNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Protein biosynthesis (タンパク質生合成) / ribosomes (リボソーム) / paralog / RNA (リボ核酸) / peptidyl / 30S / 70S / 16S (16SリボソームRNA) / ribosomal subunit (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to zinc ion starvation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity ...cellular response to zinc ion starvation / stringent response / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / translational termination / four-way junction DNA binding / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation factor complex / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / ribosomal large subunit assembly / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / リボソーム生合成 / ribosome binding / regulation of translation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. ...Ribosomal protein L31 type B / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / グアニン / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / プトレシン / スペルミジン / : / : / : / : ...酢酸 / グアニン / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / プトレシン / スペルミジン / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L31 type B / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L36 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pulk, A. / Cate, J.H.D. / Remme, J. / Lilleorg, S. / Reier, K. / Peil, L. / Liiv, A. / Tammsalu, T.
資金援助 米国, Estonia, 2件
組織認可番号国
米国
Estonia
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2018
タイトル: Bacterial ribosome heterogeneity: Changes in ribosomal protein composition during transition into stationary growth phase.
著者: Lilleorg, S. / Reier, K. / Pulk, A. / Liiv, A. / Tammsalu, T. / Peil, L. / Cate, J.D. / Remme, J.
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength ...database_2 / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _entity.pdbx_description / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 16S ribosomal RNA
BA: 16S ribosomal RNA
DA: 23S ribosomal RNA
CA: 23S ribsomal RNA
DB: 5S ribosomal RNA
CB: 5S ribosomal RNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
BB: 30S ribosomal protein S2
BC: 30S ribosomal protein S3
BD: 30S ribosomal protein S4
BE: 30S ribosomal protein S5
BF: 30S ribosomal protein S6
BG: 30S ribosomal protein S7
BH: 30S ribosomal protein S8
BI: 30S ribosomal protein S9
BJ: 30S ribosomal protein S10
BK: 30S ribosomal protein S11
BL: 30S ribosomal protein S12
BM: 30S ribosomal protein S13
BN: 30S ribosomal protein S14
BO: 30S ribosomal protein S15
BP: 30S ribosomal protein S16
BQ: 30S ribosomal protein S17
BR: 30S ribosomal protein S18
BS: 30S ribosomal protein S19
BT: 30S ribosomal protein S20
BU: 30S ribosomal protein S21
CC: 50S ribosomal protein L2
CD: 50S ribosomal protein L3
CE: 50S ribosomal protein L4
CF: 50S ribosomal protein L5
CG: 50S ribosomal protein L6
CH: 50S ribosomal protein L9
CJ: 50S ribosomal protein L11
CK: 50S ribosomal protein L13
CL: 50S ribosomal protein L14
CM: 50S ribosomal protein L15
CN: 50S ribosomal protein L16
CO: 50S ribosomal protein L17
CP: 50S ribosomal protein L18
CQ: 50S ribosomal protein L19
CR: 50S ribosomal protein L20
CS: 50S ribosomal protein L21
CT: 50S ribosomal protein L22
CU: 50S ribosomal protein L23
CV: 50S ribosomal protein L24
CW: 50S ribosomal protein L25
CX: 50S ribosomal protein L27
CY: 50S ribosomal protein L28
CZ: 50S ribosomal protein L29
C0: 50S ribosomal protein L30
C1: 50S ribosomal protein L32
C2: 50S ribosomal protein L33
C3: 50S ribosomal protein L34
C4: 50S ribosomal protein L35
C5: 50S ribosomal protein L36 2
DC: 50S ribosomal protein L2
DD: 50S ribosomal protein L3
DE: 50S ribosomal protein L4
DF: 50S ribosomal protein L5
DG: 50S ribosomal protein L6
DH: 50S ribosomal protein L9
DJ: 50S ribosomal protein L11
DK: 50S ribosomal protein L13
DL: 50S ribosomal protein L14
DM: 50S ribosomal protein L15
DN: 50S ribosomal protein L16
DO: 50S ribosomal protein L17
DP: 50S ribosomal protein L18
DQ: 50S ribosomal protein L19
DR: 50S ribosomal protein L20
DS: 50S ribosomal protein L21
DT: 50S ribosomal protein L22
DU: 50S ribosomal protein L23
DV: 50S ribosomal protein L24
DW: 50S ribosomal protein L25
DX: 50S ribosomal protein L27
DY: 50S ribosomal protein L28
DZ: 50S ribosomal protein L29
D0: 50S ribosomal protein L30
D1: 50S ribosomal protein L32
D2: 50S ribosomal protein L33
D3: 50S ribosomal protein L34
D4: 50S ribosomal protein L35
D5: 50S ribosomal protein L36 2
D7: 50S ribosomal protein L31 type B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,257,120621
ポリマ－4,238,840105
非ポリマー18,279516
水117,9986550
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area539860 Å2
ΔGint-4335 kcal/mol
Surface area1527230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)212.020, 434.570, 623.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
16S ribosomal ... , 2種, 2分子 AABA

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 497075.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1370526461
#2: RNA鎖 16S ribosomal RNA / 16SリボソームRNA


分子量: 496892.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1370526449

-
RNA鎖 , 3種, 4分子 DACADBCB

#3: RNA鎖 23S ribosomal RNA / 23SリボソームRNA


分子量: 941505.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1109114233
#4: RNA鎖 23S ribsomal RNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1109114233
#5: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38483.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 1435226024

+
30S ribosomal protein ... , 21種, 40分子 ABBBACBCADBDAEBEAFBFAGBGAHBHAIBIAJBJAKBKALAMBMANBNAOBOAPBPAQ...

#6: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 24253.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S3 / / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V3
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S4 / / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V8
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 15804.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / Small ribosomal subunit protein bS6


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R5
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R9
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13683.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 11475.364 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S15 /


分子量: 10188.687 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SSQ8
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S16 / / Small ribosomal subunit protein bS16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T3
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / / Small ribosomal subunit protein bS18


分子量: 6466.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7
#25: タンパク質 30S ribosomal protein S21 / / Small ribosomal subunit protein bS21


分子量: 6433.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679
#26: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S3

+
50S ribosomal protein ... , 31種, 59分子 CCDCCDCEDECFDFCGDGCHDHCJDJCKDKCLDLCMDMCNDNCODOCPDPCQDQCRDRCS...

#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6 / / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / / Large ribosomal subunit protein bL9


分子量: 15674.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L11 / / Large ribosomal subunit protein uL11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J7
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L13 / / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L14 / / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L16 / / Large ribosomal subunit protein uL16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / / Large ribosomal subunit protein bL17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L19 / / Large ribosomal subunit protein bL19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L20 / / Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / / Large ribosomal subunit protein bL21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L22 / / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L23 / / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L27 / / Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 8275.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L28 / / Large ribosomal subunit protein bL28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L29 / / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 7155.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L30 / / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L32 / / Large ribosomal subunit protein bL32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L33 / / Large ribosomal subunit protein bL33


分子量: 5885.919 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 / / Large ribosomal subunit protein bL34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / / Large ribosomal subunit protein bL35 / Ribosomal protein A


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 2 / リボソーム / Large ribosomal subunit protein bL36-B


分子量: 5326.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2EEQ2
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 22291.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#57: タンパク質 50S ribosomal protein L31 type B / リボソーム / Large ribosomal subunit protein bL31-B


分子量: 7778.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N1

-
非ポリマー , 12種, 7066分子

#58: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#59: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#60: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#61: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#62: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#63: 化合物
ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#64: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#65: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#66: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#67: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#68: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#69: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG8k, MPD, KSCN

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12911N
22911N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.1
シンクロトロンALS 12.3.121.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2013年10月3日
ADSC QUANTUM 3152CCD2013年11月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
21
反射解像度: 2.8→69.324 Å / Num. obs: 1077740 / % possible obs: 77.3 % / 冗長度: 6.39 % / Biso Wilson estimate: 46.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.208 / Net I/σ(I): 6.71
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 1.03 % / Rmerge(I) obs: 1.686 / Mean I/σ(I) obs: 0.23 / % possible all: 5.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YBB

4ybb


解像度: 2.9→69.32 Å / SU ML: 0.404 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.279
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 5351 0.5 %
Rwork0.186 --
obs0.186 1070140 85.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 124.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→69.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数90042 195305 940 6550 292837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013310512
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.001464205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.059165978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08159215
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01424946
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.00360.30871880.231237354X-RAY DIFFRACTION30
3.0036-3.12390.28743490.244169478X-RAY DIFFRACTION56
3.1239-3.26610.30795320.2348105886X-RAY DIFFRACTION85
3.2661-3.43830.29635750.2242114400X-RAY DIFFRACTION92
3.4383-3.65370.27755880.2102116941X-RAY DIFFRACTION94
3.6537-3.93580.26536020.1886119786X-RAY DIFFRACTION96
3.9358-4.33180.26696190.1796123253X-RAY DIFFRACTION99
4.3318-4.95840.22676280.1616124879X-RAY DIFFRACTION100
4.9584-6.24650.24536300.1542125402X-RAY DIFFRACTION100
6.2465-69.34360.21616400.1684127410X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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