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- PDB-6i4m: Crystal Structure of Plasmodium berghei actin II in the Mg-ADP state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i4m
タイトルCrystal Structure of Plasmodium berghei actin II in the Mg-ADP state
要素
  • Actin-2アクチン
  • Gelsolin
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / hydrolase (加水分解酵素) / filamentous / cytoskeleton (細胞骨格)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of development of symbiont in host / exit from host cell / glial filament / apical ectoplasmic specialization / basal ectoplasmic specialization / male gamete generation / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization ...positive regulation of development of symbiont in host / exit from host cell / glial filament / apical ectoplasmic specialization / basal ectoplasmic specialization / male gamete generation / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / striated muscle atrophy / regulation of establishment of T cell polarity / regulation of plasma membrane raft polarization / regulation of receptor clustering / renal protein absorption / positive regulation of keratinocyte apoptotic process / positive regulation of protein processing in phagocytic vesicle / positive regulation of actin nucleation / phosphatidylinositol 3-kinase catalytic subunit binding / cilium organization / actin cap / regulation of podosome assembly / sequestering of actin monomers / myosin II binding / negative regulation of viral entry into host cell / actin filament severing / actin filament capping / barbed-end actin filament capping / actin polymerization or depolymerization / actin filament depolymerization / cell projection assembly / cardiac muscle cell contraction / podosome / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of p38MAPK cascade / phagocytosis, engulfment / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / hepatocyte apoptotic process / cilium assembly / 筋形質 / vesicle-mediated transport / phagocytic vesicle / ruffle / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cellular response to cadmium ion / response to muscle stretch / actin filament polymerization / Neutrophil degranulation / central nervous system development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein destabilization / cellular response to type II interferon / actin filament binding / マイクロフィラメント / lamellipodium / 髄鞘 / actin binding / actin cytoskeleton organization / amyloid fibril formation / 細胞骨格 / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain ...Villin/Gelsolin / Gelsolin homology domain / Severin / Severin / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / ATPase, nucleotide binding domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / アクチン / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / THIOCYANATE ION / Gelsolin / Actin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium berghei (ネズミマラリア原虫)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.873 Å
データ登録者Kumpula, E.-P. / Lopez, A.J. / Tajedin, L. / Han, H. / Kursula, I.
資金援助 フィンランド, ノルウェー, 3件
組織認可番号国
Academy of Finland フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
Research Council of Norway ノルウェー
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2019
タイトル: Atomic view into Plasmodium actin polymerization, ATP hydrolysis, and fragmentation.
著者: Kumpula, E.P. / Lopez, A.J. / Tajedin, L. / Han, H. / Kursula, I.
履歴
登録2018年11月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-2
G: Gelsolin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6438
ポリマ－56,9952
非ポリマー6486
水7,999444
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.410, 61.510, 64.940
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.548, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AG

#1: タンパク質 Actin-2 / アクチン / Actin II


分子量: 42869.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium berghei (strain Anka) (ネズミマラリア原虫)
株: Anka / 遺伝子: PB001050.02.0
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q4YU79
#2: タンパク質 Gelsolin / / Actin-depolymerizing factor / ADF / Brevin


分子量: 14125.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal GP results from cleavage with 3C protease
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gsn, Gsb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13020

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非ポリマー , 5種, 450分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン / チオシアン酸塩


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 23% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS pH 6.3, 0.2M K-SCN; 20% PEG400 used for cryoprotection

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.031 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.031 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.873→64.88 Å / Num. obs: 73248 / % possible obs: 93.81 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 22.46 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03798 / Rpim(I) all: 0.03352 / Rrim(I) all: 0.05083 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.873→1.94 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2955 / Num. unique obs: 4975 / CC1/2: 0.826 / Rpim(I) all: 0.2727 / Rrim(I) all: 0.4032 / % possible all: 63.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CBX

4cbx


解像度: 1.873→64.88 Å / SU ML: 0.1579 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 17.1608
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1788 3555 4.85 %
Rwork0.1428 --
obs0.1446 73246 93.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.873→64.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3847 0 36 444 4327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01054094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08035566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0573602
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0068720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.53362452
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.87-1.90.2747530.25611271X-RAY DIFFRACTION42.68
1.9-1.930.25611360.22412237X-RAY DIFFRACTION75.36
1.93-1.950.23171270.1962516X-RAY DIFFRACTION85.7
1.95-1.990.28651340.18512999X-RAY DIFFRACTION98.06
1.99-2.020.22091420.17252897X-RAY DIFFRACTION98.32
2.02-2.050.18641370.16382973X-RAY DIFFRACTION98.6
2.05-2.090.16081390.16542861X-RAY DIFFRACTION97.82
2.09-2.130.21051500.16062936X-RAY DIFFRACTION97.41
2.13-2.170.18451480.15422873X-RAY DIFFRACTION96.27
2.17-2.220.231300.14892749X-RAY DIFFRACTION93.96
2.22-2.270.20041590.14492754X-RAY DIFFRACTION92.56
2.27-2.330.16181290.13972946X-RAY DIFFRACTION98.87
2.33-2.390.1681700.1282910X-RAY DIFFRACTION99.1
2.39-2.460.17731330.12622916X-RAY DIFFRACTION98.04
2.46-2.540.14821460.13262975X-RAY DIFFRACTION98.45
2.54-2.630.18631480.14162869X-RAY DIFFRACTION97.26
2.63-2.740.18891270.14432765X-RAY DIFFRACTION92.72
2.74-2.860.19471580.14772882X-RAY DIFFRACTION98.13
2.86-3.010.17651790.14132929X-RAY DIFFRACTION99.2
3.01-3.20.17961540.14712956X-RAY DIFFRACTION98.95
3.2-3.450.18311370.13562895X-RAY DIFFRACTION97.09
3.45-3.80.12541370.12812885X-RAY DIFFRACTION96.46
3.8-4.350.17591640.11812942X-RAY DIFFRACTION99.36
4.35-5.480.15741680.12082842X-RAY DIFFRACTION96.63
5.48-64.910.18851500.16242913X-RAY DIFFRACTION98.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63648116829-0.2050272200870.03177401088421.77416493337-0.1026500933971.60781904124-0.0909264174714-0.1445174992540.01812580872830.3128350003970.0527032781369-0.1254589754330.09094555752750.2752812528550.03384479275490.2306867049030.0832205194973-0.03306493043730.2300124830550.001335170822070.163942370865152.06380106-11.740023079687.2796384264
23.77926879174-0.2339326043541.106385095162.11140464462-0.4721555504511.39443342404-0.1943379999650.3859187093510.272344331813-0.1372218061760.1457734372331.20193338306-0.127290395845-1.067274340720.0379288554620.2926466633640.0657211770087-0.02663884800780.622853961852-0.0399528238090.55761844824111.7641907018.8845502549473.7961066423
31.485983986160.3818572728280.4201618747311.218977260060.1569139481131.30370710928-0.1527981911270.1610372425780.0831491882262-0.1415966357490.03319845036010.0276759081591-0.01802290412890.04799840488770.1048850829210.150755205607-0.01715756800510.01870883230010.139384415260.02088883910560.136092405722132.956890611.5845565562460.5480565376
41.53027349522-0.2909993528860.06034628426811.661642000620.01473207399882.86139975537-0.111123936218-0.1893868446370.03081818077540.307199095650.02579748648850.143973619254-0.0748875987327-0.1957577106020.08699699583930.2261503850370.03785126674220.04809574386840.2117587935560.002056145923290.184224886439127.0739731344.2495224365188.3325102703
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resid 3 through 125)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 73)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 137 through 337)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 6 through 32 or resid 74 through 136 or resid 338 through 376)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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