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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hv4 | ||||||
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タイトル | Yeast 20S proteasome with human beta2i (1-53) in complex with ONX 0914 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() spermatoproteasome complex / proteasome core complex / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huber, E.M. / Groll, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Design of Inhibitors Selective for Human Proteasome beta 2c or beta 2i Subunits. 著者: Xin, B.T. / Huber, E.M. / de Bruin, G. / Heinemeyer, W. / Maurits, E. / Espinal, C. / Du, Y. / Janssens, M. / Weyburne, E.S. / Kisselev, A.F. / Florea, B.I. / Driessen, C. / van der Marel, G. ...著者: Xin, B.T. / Huber, E.M. / de Bruin, G. / Heinemeyer, W. / Maurits, E. / Espinal, C. / Du, Y. / Janssens, M. / Weyburne, E.S. / Kisselev, A.F. / Florea, B.I. / Driessen, C. / van der Marel, G.A. / Groll, M. / Overkleeft, H.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6htbC ![]() 6htcC ![]() 6htdC ![]() 6htpC ![]() 6htrC ![]() 6hubC ![]() 6hucC ![]() 6huqC ![]() 6huuC ![]() 6huvC ![]() 6hv3C ![]() 6hv5C ![]() 6hv7C ![]() 6hvaC ![]() 6hvrC ![]() 6hvsC ![]() 6hvtC ![]() 6hvuC ![]() 6hvvC ![]() 6hvwC ![]() 6hvxC ![]() 6hvyC ![]() 6hw0C ![]() 6hw3C ![]() 6hw4C ![]() 6hw5C ![]() 6hw6C ![]() 6hw7C ![]() 6hw8C ![]() 6hw9C ![]() 6hwaC ![]() 6hwbC ![]() 6hwcC ![]() 6hwdC ![]() 6hweC ![]() 6hwfC ![]() 5cz4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, ![]() #2: タンパク質 | ![]() 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, ![]() #3: タンパク質 | ![]() 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, ![]() #4: タンパク質 | ![]() 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, ![]() #5: タンパク質 | ![]() 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, ![]() #7: タンパク質 | ![]() 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, ![]() |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 FT
#6: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, ![]() |
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-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb
#8: タンパク質 | ![]() 分子量: 24443.674 Da / 分子数: 2 Mutation: Chimera: 1-53 Homo sapiens,Chimera: 1-53 Homo sapiens 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 遺伝子: PSMB10, LMP10, MECL1, PUP1, YOR157C / 株: ATCC 204508 / S288c / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P40306, UniProt: P25043, ![]() #9: タンパク質 | ![]() 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, ![]() #10: タンパク質 | ![]() 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, ![]() #11: タンパク質 | ![]() 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, ![]() #12: タンパク質 | ![]() 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, ![]() #13: タンパク質 | ![]() 分子量: 27200.893 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, ![]() #14: タンパク質 | ![]() 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 274分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GQK.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/GQK.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#15: 化合物 | ChemComp-MG / #16: 化合物 | ![]() #17: 化合物 | ChemComp-GQK / ( #18: 化合物 | ChemComp-MES / ![]() #19: 化合物 | ![]() #20: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.52 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES / PH範囲: 6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 203267 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.573 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5CZ4 解像度: 3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 41.387 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.336 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.111 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→15 Å
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拘束条件 |
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