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- PDB-6hui: The structure of Dps from Listeria innocua soaked with zinc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hui
タイトルThe structure of Dps from Listeria innocua soaked with zinc
要素DNA protection during starvation protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Dps / metal binding. cage shaped protein / ferroxidase / itron translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily ...Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / フェリチン / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria innocua (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.995 Å
データ登録者Zeth, K. / Okuda, M.
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2019
タイトル: Metal Positions and Translocation Pathways of the Dodecameric Ferritin-like Protein Dps.
著者: Zeth, K. / Sancho-Vaello, E. / Okuda, M.
履歴
登録2018年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA protection during starvation protein
B: DNA protection during starvation protein
C: DNA protection during starvation protein
D: DNA protection during starvation protein
E: DNA protection during starvation protein
F: DNA protection during starvation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,47968
ポリマ－108,4236
非ポリマー4,05562
水0
1
A: DNA protection during starvation protein
B: DNA protection during starvation protein
C: DNA protection during starvation protein
D: DNA protection during starvation protein
E: DNA protection during starvation protein
F: DNA protection during starvation protein
ヘテロ分子

A: DNA protection during starvation protein
B: DNA protection during starvation protein
C: DNA protection during starvation protein
D: DNA protection during starvation protein
E: DNA protection during starvation protein
F: DNA protection during starvation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,957136
ポリマ－216,84712
非ポリマー8,111124
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.330, 86.330, 269.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
DNA protection during starvation protein / Ferritin-like protein / Non-heme iron-containing ferritin


分子量: 18070.553 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Listeria innocua (バクテリア) / 遺伝子: dps, flp, fri, lin0942 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P80725, 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG-3350, 100 mM Hepes

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.995→45.696 Å / Num. obs: 38906 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.6 % / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.995→3.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.995→45.696 Å / SU ML: 0.58 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 35.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 1949 5.01 %
Rwork0.2284 --
obs0.2311 38906 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.995→45.696 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7336 0 62 0 7398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40310106
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5064476
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0321097
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031303
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9954-3.07030.42241390.40042581X-RAY DIFFRACTION97
3.0703-3.15330.37951380.38982609X-RAY DIFFRACTION100
3.1533-3.2460.38571380.38342677X-RAY DIFFRACTION100
3.246-3.35080.40631380.36192621X-RAY DIFFRACTION100
3.3508-3.47050.33951450.34122664X-RAY DIFFRACTION100
3.4705-3.60940.34111380.30612664X-RAY DIFFRACTION100
3.6094-3.77360.34521320.30432642X-RAY DIFFRACTION100
3.7736-3.97250.4241360.28962650X-RAY DIFFRACTION100
3.9725-4.22120.31631420.25072657X-RAY DIFFRACTION100
4.2212-4.54680.28791500.2242659X-RAY DIFFRACTION100
4.5468-5.00390.26651310.19542642X-RAY DIFFRACTION100
5.0039-5.72680.30161370.21822664X-RAY DIFFRACTION100
5.7268-7.21050.26111410.1992651X-RAY DIFFRACTION100
7.2105-45.70110.18451440.14782576X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4071-0.792-1.86153.22321.15257.0126-0.643-1.00580.02261.19650.7699-0.4704-0.20821.0663-0.09911.3775-0.1274-0.55531.53740.39451.004726.5739-7.527620.9939
25.2887-2.1354-3.91724.49943.45463.8765-0.42150.4934-0.32680.1664-0.2972-0.4216-1.24170.20890.57461.3898-0.0769-0.48521.54330.43930.884421.7491-4.82714.3591
33.1138-1.1954-0.48643.09740.67411.2764-0.82120.17320.59680.80060.1324-0.9534-0.27371.6450.19881.4371-0.2885-0.66541.9190.38871.331232.6273-4.146117.6642
41.8128-0.0372-0.94984.86720.87960.69370.48340.5489-0.5259-0.9456-1.2851-0.74761.00431.60610.76741.30730.1346-0.00122.7270.4320.771822.7311-16.1308-18.5992
57.83035.2015-6.56375.415-4.49335.54171.05751.78740.34140.6188-0.6720.0807-0.13041.352-0.4021.05870.0093-0.09061.9870.45010.814619.0396-10.2353-13.0546
64.41990.589-1.13912.2688-2.46266.38430.62141.7672-0.4363-0.7825-0.8015-0.78860.76542.49760.72331.32850.73690.1282.60440.1571.024628.3513-17.3856-18.5512
79.62826.3524-3.39124.924-0.09597.39450.78271.5883-0.22440.3069-0.6162-1.95160.14391.5801-0.00970.81530.2584-0.04842.25790.44381.460128.8072-15.5881-5.3259
82.01250.03440.09460.15640.3122.02790.2810.0416-0.9602-0.1929-0.47991.12580.8641-0.9254-0.20970.8959-0.4924-0.52190.7587-0.13361.9879-17.6069-21.6806-7.5418
93.92-0.98670.67246.29025.56465.94710.79750.6429-1.3579-0.80920.24920.59161.61110.5742-0.89291.20610.1939-0.67960.7582-0.21371.84332.1965-30.17452.5252
109.5513-3.44535.53152.1418-1.56934.02690.1110.3227-0.3824-0.3555-0.19750.42560.537-0.08790.05020.7957-0.1603-0.21630.7943-0.08461.3181-10.3312-15.3768-6.2413
117.28831.1261-0.6332.27092.04072.9070.3126-0.0198-1.0443-0.42470.08931.98511.0757-1.9737-0.5281.0266-0.4914-0.25761.59210.11222.0284-28.8159-13.5294-9.8693
125.20710.81142.18380.12660.4816.34321.3763-0.066-1.31990.0443-0.32131.56352.3274-0.8689-0.92231.3966-0.4187-0.5491.04960.21652.2548-18.9964-29.7779-2.8289
139.2177-2.44795.91263.243-1.49514.2181.55350.8935-1.7262-0.607-0.41691.91732.07680.5633-1.14041.4567-0.0126-0.49760.9169-0.41631.5903-12.2329-25.2749-16.6425
147.6506-4.77385.02484.57-5.77997.72520.29751.1116-0.387-0.5793-0.85151.34680.5486-0.19560.33271.2676-0.1475-0.55741.1107-0.40041.2841-9.056-17.531-18.7799
152.7841-0.141.98432.84952.24223.34411.45072.4914-2.2716-2.7071-1.14643.53282.91240.2353-0.26052.06930.2537-0.31471.5706-0.18131.88370.5097-32.0532-17.975
163.0471-1.2461-0.24645.28351.55311.6122-0.3047-0.8177-0.80810.86310.1399-0.17181.2040.97720.10771.22350.1028-0.24011.4420.4870.843814.7396-19.820720.506
171.4265-1.948-1.26155.45786.2069.3109-0.45390.6342-0.2417-0.8954-0.36420.3339-1.52290.76150.65111.1723-0.1371-0.21621.0630.31570.774810.7188-13.44816.0972
183.386-3.51951.11054.87910.67452.9844-0.9635-0.4505-0.38962.23950.66740.40991.60120.64570.05751.69320.0531-0.13031.22320.39581.042320.0298-20.694625.7222
198.2367-0.9446-4.50354.43852.49438.2237-0.3304-1.1668-1.19990.79650.72430.75140.6545-0.50610.15091.4707-0.07050.03061.16770.66971.30095.5075-24.565324.1956
205.9753-1.0291-2.17094.76154.72365.5413-0.1421-0.3885-1.24541.35110.35130.48240.1196-0.13920.11221.58640.0783-0.05690.90030.58291.02340.3677-21.713719.1915
213.432-2.2917-0.80762.027-0.88294.4310.37491.967-0.2016-1.3736-0.0884-0.16261.75861.7709-0.32141.4440.4009-0.14512.1825-0.02090.64211.6239-10.5639-31.0445
223.58073.0264-1.78754.57891.59575.67150.01842.06562.6148-1.6691-0.41710.4689-1.01831.44230.11461.5635-0.3272-0.15442.19650.92081.567921.737712.6245-27.358
235.91111.4674-0.84048.2227-2.08838.2770.26141.70770.2495-0.0537-0.4782-0.0774-0.04111.38380.14511.09110.2444-0.10131.68380.1210.71779.7135-7.5434-23.1529
243.87432.0868-3.10085.8279-2.88143.22690.02442.17610.4986-2.2307-0.3507-0.29280.05180.13610.2841.87420.46090.08462.62910.3560.953420.9576-7.907-34.7706
252.5438-0.4201-3.20464.8335-1.52575.01950.34531.74360.0989-1.7594-0.67890.24220.43221.16160.20191.60660.2267-0.32632.29090.28690.68573.0694-1.919-33.7811
261.64690.15451.21983.33420.17111.97850.05580.9734-0.02180.16430.0448-1.0966-0.22340.50781.00711.4478-1.0008-0.87832.30861.11281.706329.829722.4134-6.7111
270.3363-0.32530.28260.4678-0.22260.7924-0.02440.33410.5180.0791-0.1136-0.2049-0.19710.15240.07331.2575-0.8084-1.00882.09031.44081.385423.944516.1365-4.4811
280.2316-0.4854-0.01071.35940.30830.14620.17560.18880.44580.1282-0.3774-1.5644-0.5440.83940.40911.5604-1.0919-0.68582.05521.11652.313933.748528.01-3.591
291.05970.9003-0.511.0263-0.46831.27260.29970.12320.2470.0920.084-0.26990.07210.1862.3741.1657-0.6719-0.60323.16392.60071.369634.74611.864-10.3614
305.3536-0.7502-5.38320.10470.75395.4132-0.22072.63661.1963-1.0850.68710.4720.0731-2.2505-0.49771.3464-0.39880.27863.36781.09661.833832.502913.1655-25.4444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 39 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 67 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 157 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 8 through 39 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 40 through 67 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 68 through 124 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 125 through 157 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 9 through 34 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 35 through 39 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 40 through 67 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 68 through 75 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 76 through 95 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 96 through 123 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 124 through 150 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 151 through 157 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 8 through 39 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 40 through 67 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 68 through 95 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 96 through 124 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 125 through 157 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 6 through 34 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 35 through 39 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 40 through 75 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 76 through 95 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 96 through 157 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 8 through 39 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 40 through 67 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 68 through 95 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 96 through 150 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 151 through 157 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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