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- PDB-6hrr: Structure of the TRPML2 ELD at pH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hrr
タイトルStructure of the TRPML2 ELD at pH 6.5
要素Mucolipin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / TRPML Channel Mucolipin Cation Channel Endolysosomal System
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage migration / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / neutrophil migration / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / TRPチャネル / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity ...macrophage migration / positive regulation of macrophage inflammatory protein 1 alpha production / NAADP-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of chemokine (C-C motif) ligand 5 production / neutrophil migration / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / TRPチャネル / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / recycling endosome membrane / protein transport / late endosome membrane / 獲得免疫系 / リソソーム / 自然免疫系 / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / Mucolipin, extracytosolic domain / Mucolipin / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bader, N. / Viet, K.K. / Wagner, A. / Hellmich, U.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structure of the Human TRPML2 Ion Channel Extracytosolic/Lumenal Domain.
著者: Kerstin K Viet / Annika Wagner / Kevin Schwickert / Nils Hellwig / Martha Brennich / Nicole Bader / Tanja Schirmeister / Nina Morgner / Hermann Schindelin / Ute A Hellmich /
要旨: TRPML2 is the least structurally characterized mammalian transient receptor potential mucolipin ion channel. The TRPML family hallmark is a large extracytosolic/lumenal domain (ELD) between ...TRPML2 is the least structurally characterized mammalian transient receptor potential mucolipin ion channel. The TRPML family hallmark is a large extracytosolic/lumenal domain (ELD) between transmembrane helices S1 and S2. We present crystal structures of the tetrameric human TRPML2 ELD at pH 6.5 (2.0 Å) and 4.5 (2.95 Å), corresponding to the pH values in recycling endosomes and lysosomes. Isothermal titration calorimetry shows Ca binding to the highly acidic central pre-pore loop which is abrogated at low pH, in line with a pH-dependent channel regulation model. Small angle X-ray scattering confirms the ELD dimensions in solution. Changes in pH or Ca concentration do not affect the protein's secondary structure, but can influence ELD oligomer integrity according to native mass spectrometry. Our data thus complete the set of high-resolution views of human TRPML channel ELDs and reveal some structural responses to the conditions the TRPML2 ELD encounters as the channel traffics through the endolysosomal system.
履歴
登録2018年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mucolipin-2
B: Mucolipin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,17020
ポリマ－44,4262
非ポリマー1,74418
水3,711206
1
A: Mucolipin-2
ヘテロ分子

A: Mucolipin-2
ヘテロ分子

A: Mucolipin-2
ヘテロ分子

A: Mucolipin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,91440
ポリマ－88,8514
非ポリマー3,06336
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area11910 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area34160 Å2
手法PISA
2
B: Mucolipin-2
ヘテロ分子

B: Mucolipin-2
ヘテロ分子

B: Mucolipin-2
ヘテロ分子

B: Mucolipin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,76540
ポリマ－88,8514
非ポリマー3,91436
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
Buried area13500 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area34420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.471, 109.471, 149.744
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

K

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mucolipin-2 / Transient receptor potential channel mucolipin 2 / TRPML2


分子量: 22212.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCOLN2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IZK6

-
非ポリマー , 5種, 224分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤)


分子量: 195.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 % / 解説: Cube
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% Jeffamine M-600 0.1 M MES pH 6.5 50 mM CsCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.53 Å / Num. obs: 31030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 27.2 % / Biso Wilson estimate: 47.23 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.002 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 28.8 % / Rmerge(I) obs: 3.556 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2240 / CC1/2: 0.645 / Rpim(I) all: 0.673 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TJA

5tja


解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.166 / SU Rfree Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.141
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1560 5.03 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 30988 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 202.68 Å2 / Biso mean: 61.21 Å2 / Biso min: 23.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5228 Å20 Å20 Å2
2--5.5228 Å20 Å2
3----11.0455 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2841 0 106 212 3159
Biso mean--84.06 60.66 -
残基数----346
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1715SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes989HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5971HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion386SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance4HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6327SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5971HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg10713HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.07
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 152 5.39 %
Rwork0.2214 2669 -
all0.2229 2821 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6966-0.5502-0.50681.66210.19751.9923-0.0141-0.11820.2281-0.00190.0450.0751-0.0594-0.0601-0.031-0.16930.0347-0.0032-0.1590.0027-0.1744-15.66920.7254-14.1139
23.0913-0.1158-0.23962.2564-0.29691.2179-0.0772-0.096-0.42760.03230.0143-0.18330.14990.0560.0629-0.19060.03270.001-0.21730.0433-0.0957-39.878433.8884-27.2479
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A92 - 282
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B92 - 282

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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