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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hol | |||||||||
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タイトル | Structure of ATG14 LIR motif bound to GABARAPL1 | |||||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Autophagy (オートファジー) / ATG8 / LIR | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / glycophagy / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / response to mitochondrial depolarisation / regulation of protein complex stability / Tat protein binding ...extrinsic component of omegasome membrane / phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / regulation of triglyceride metabolic process / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / glycophagy / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / response to mitochondrial depolarisation / regulation of protein complex stability / Tat protein binding / phagophore assembly site membrane / GABA receptor binding / protein targeting to lysosome / early endosome to late endosome transport / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / phagophore assembly site / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / post-transcriptional regulation of gene expression / オートファジー / autophagosome membrane docking / endosome to lysosome transport / beta-tubulin binding / axoneme / autophagosome membrane / autophagosome maturation / マイトファジー / autophagosome assembly / オートファゴソーム / regulation of macroautophagy / cellular response to glucose starvation / protein-membrane adaptor activity / phagocytic vesicle / cellular response to starvation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of protein phosphorylation / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / オートファジー / regulation of protein phosphorylation / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / GTPase binding / 微小管 / positive regulation of protein phosphorylation / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ゴルジ体 / 小胞体 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Mouilleron, S. / Birgisdottir, A.B. / Bhujbal, Z. / Wirth, M. / Sjottem, E. / Evjen, G. / Zhang, W. / Lee, R. / O'Reilly, N. / Tooze, S. ...Mouilleron, S. / Birgisdottir, A.B. / Bhujbal, Z. / Wirth, M. / Sjottem, E. / Evjen, G. / Zhang, W. / Lee, R. / O'Reilly, N. / Tooze, S. / Lamark, T. / Johansen, T. | |||||||||
資金援助 | ノルウェー, 2件
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引用 | ジャーナル: Autophagy / 年: 2019 タイトル: Members of the autophagy class III phosphatidylinositol 3-kinase complex I interact with GABARAP and GABARAPL1 via LIR motifs. 著者: Birgisdottir, A.B. / Mouilleron, S. / Bhujabal, Z. / Wirth, M. / Sjottem, E. / Evjen, G. / Zhang, W. / Lee, R. / O'Reilly, N. / Tooze, S.A. / Lamark, T. / Johansen, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hol.cif.gz | 130.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hol.ent.gz | 101.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hol.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/6hol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/6hol | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14598.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABARAPL1, GEC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H0R8 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1748.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6ZNE5 #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.37 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1M LiCl, 0.1M HEPES pH7, 20% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→41.485 Å / Num. obs: 45978 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 6.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4496 / CC1/2: 0.46 / Rpim(I) all: 0.55 / Rrim(I) all: 0.9 / % possible all: 90.33 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2R2Q 解像度: 1.4→41.485 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 28.48
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.485 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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