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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hmr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human Casein Kinase I delta in complex with a photoswitchable 2-Azothiazole-based inhibitor (compound 2) | ||||||
要素 | Casein kinase I isoform delta | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / Photoswitchable Inhibitor / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / protein localization to cilium / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport ...positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / COPII vesicle coating / midbrain dopaminergic neuron differentiation / microtubule nucleation / protein localization to cilium / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport / tau-protein kinase activity / Golgi organization / spindle assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / AURKA Activation by TPX2 / cellular response to nerve growth factor stimulus / ciliary basal body / circadian regulation of gene expression / spindle microtubule / regulation of circadian rhythm / spindle / Wntシグナル経路 / エンドサイトーシス / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Circadian Clock / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.782 Å | ||||||
データ登録者 | Pichlo, C. / Schehr, M. / Charl, J. / Brunstein, E. / Peifer, C. / Baumann, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Photochem. Photobiol. Sci. / 年: 2019 タイトル: 2-Azo-, 2-diazocine-thiazols and 2-azo-imidazoles as photoswitchable kinase inhibitors: limitations and pitfalls of the photoswitchable inhibitor approach. 著者: Schehr, M. / Ianes, C. / Weisner, J. / Heintze, L. / Muller, M.P. / Pichlo, C. / Charl, J. / Brunstein, E. / Ewert, J. / Lehr, M. / Baumann, U. / Rauh, D. / Knippschild, U. / Peifer, C. / Herges, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6hmr.cif.gz | 357.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6hmr.ent.gz | 297.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6hmr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/6hmr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/6hmr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36377.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1D, HCKID / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P48730, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.32 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Sodium malonate pH 6.0 20 % Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000031 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.000031 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.782→46.38 Å / Num. obs: 57955 / % possible obs: 97.37 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 11.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.782→1.846 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5MQV 解像度: 1.782→46.38 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 23.23
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.782→46.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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