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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6hib | ||||||
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タイトル | The ATAD2 bromodomain in complex with compound 14 | ||||||
![]() | ATPase family AAA domain-containing protein 2 | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sledz, P. / Caflisch, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Hitting a Moving Target: Simulation and Crystallography Study of ATAD2 Bromodomain Blockers. 著者: Dolbois, A. / Batiste, L. / Wiedmer, L. / Dong, J. / Brutsch, M. / Huang, D. / Deerain, N.M. / Spiliotopoulos, D. / Cheng-Sanchez, I. / Laul, E. / Nevado, C. / Sledz, P. / Caflisch, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5f36SC ![]() 6epjC ![]() 6eptC ![]() 6epuC ![]() 6epvC ![]() 6epxC ![]() 6hi3C ![]() 6hi4C ![]() 6hi5C ![]() 6hi6C ![]() 6hi7C ![]() 6hi8C ![]() 6hiaC ![]() 6hicC ![]() 6hidC ![]() 6hieC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15453.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-G6Z / |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.27 % |
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2M (NH4)2SO4, 0.1M Bis-Tris pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.029→48.956 Å / Num. obs: 32104 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.67 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 13.42 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.15 Å / 冗長度: 5.04 % / Num. unique obs: 5177 / CC1/2: 0.523 / Rrim(I) all: 1.36 / % possible all: 99.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5F36 解像度: 2.029→48.956 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.24
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.029→48.956 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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