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- PDB-6h4u: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h4u
タイトルCrystal structure of human KDM4A in complex with compound 34b
要素Lysine-specific demethylase 4A
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Histone demethylase / Inhibitor / transcription (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / methylated histone binding / positive regulation of neuron differentiation / response to nutrient levels / negative regulation of autophagy / HDMs demethylate histones / 核小体 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / 遺伝子発現の調節 / クロマチンリモデリング / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FO2 / Lysine-specific demethylase 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Le Bihan, Y.V. / van Montfort, R.L.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC309/A11566 英国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: C8-substituted pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-ones: Studies towards the identification of potent, cell penetrant Jumonji C domain containing histone lysine demethylase 4 subfamily (KDM4) ...タイトル: C8-substituted pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-ones: Studies towards the identification of potent, cell penetrant Jumonji C domain containing histone lysine demethylase 4 subfamily (KDM4) inhibitors, compound profiling in cell-based target engagement assays.
著者: Le Bihan, Y.V. / Lanigan, R.M. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Velupillai, S. / Malcolm, A.G. / England, K.S. / Ruda, G.F. / Mok, N.Y. / Tumber, A. / Tomlin, K. / Saville, H. / Shehu, E. / ...著者: Le Bihan, Y.V. / Lanigan, R.M. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Velupillai, S. / Malcolm, A.G. / England, K.S. / Ruda, G.F. / Mok, N.Y. / Tumber, A. / Tomlin, K. / Saville, H. / Shehu, E. / McAndrew, C. / Carmichael, L. / Bennett, J.M. / Jeganathan, F. / Eve, P. / Donovan, A. / Hayes, A. / Wood, F. / Raynaud, F.I. / Fedorov, O. / Brennan, P.E. / Burke, R. / van Montfort, R.L.M. / Rossanese, O.W. / Blagg, J. / Bavetsias, V.
履歴
登録2018年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4A
B: Lysine-specific demethylase 4A
C: Lysine-specific demethylase 4A
D: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,90027
ポリマ－167,4184
非ポリマー2,48123
水12,809711
1
A: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5017
ポリマ－41,8551
非ポリマー6476
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4887
ポリマ－41,8551
非ポリマー6336
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4887
ポリマ－41,8551
非ポリマー6336
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4236
ポリマ－41,8551
非ポリマー5695
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.966, 104.220, 145.035
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A


分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

-
非ポリマー , 6種, 734分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-FO2 / 8-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one


分子量: 310.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H18N6O
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 711 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→49.3 Å / Num. obs: 86644 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 54.98 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 2.555 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 4589 / CC1/2: 0.306 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2oq7

2oq7


解像度: 2.21→49.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.213 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.213 / SU Rfree Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.169
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 4176 4.82 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.177 86605 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9243 Å20 Å22.3298 Å2
2---4.2653 Å20 Å2
3---2.341 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.21→49.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10889 0 131 713 11733
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0111452HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9915591HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3693SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1776HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11452HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.79
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1454SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies21HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact12005SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.27 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 351 5.47 %
Rwork0.2377 6069 -
all0.2394 6420 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.65540.1269-1.35622.86840.42571.09530.0685-0.00730.3196-0.0248-0.08480.2929-0.4704-0.17980.0163-0.00430.0740.0027-0.0639-0.02070.0587-33.7775-5.6216-14.1847
21.5626-0.0140.19081.33520.17491.59170.06270.0467-0.04880.0528-0.06630.16980.037-0.15480.0036-0.0811-0.0481-0.0073-0.07130.0089-0.0672-25.6738-24.7998-14.8778
31.5481.4255-0.0130.2236-2.1525.1420.11070.31380.1937-0.027-0.1904-0.0477-0.43530.31720.07970.0209-0.058-0.0196-0.08020.0527-0.054-15.1102-6.0117-28.1028
42.05251.7756-1.5534.4275-1.28151.70580.06570.02860.29270.05330.0316-0.097-0.5190.2836-0.09730.0622-0.00480.1237-0.17960.04240.0255-14.020131.155-60.129
52.32560.52360.33463.3579-0.98422.01370.2005-0.1457-0.00570.0794-0.0853-0.2367-0.07340.1654-0.1152-0.11770.08720.0403-0.11430.0202-0.1484-18.09187.5201-55.3006
61.6092-0.0169-0.83341.1275-0.546-0.32680.0654-0.13870.00250.27580.02140.2067-0.16480.0047-0.08680.03760.07990.0617-0.00480.0422-0.0736-23.31413.8484-50.8537
71.79280.38990.28072.3922-0.67712.25480.1617-0.0960.45430.19670.11170.371-0.2928-0.3224-0.2734-0.04160.08870.1293-0.10930.0716-0.0354-28.23319.2573-58.9042
80.6123-3.3174-1.13575.28922.23842.7339-0.0413-0.22920.29620.17580.03760.2438-0.118-0.20220.00370.21490.16730.2226-0.2701-0.0844-0.1406-32.290537.0424-46.953
92.2243-1.3390.99745.2259-0.91980.27310.04430.1424-0.2719-0.08590.0446-0.09780.18570.1066-0.08890.04190.06310.0184-0.0136-0.0594-0.09748.089229.5822-9.8128
101.7303-0.75060.22652.7981-0.05692.8688-0.00660.40670.0193-0.11790.1473-0.32690.4140.6205-0.1407-0.12510.02370.03990.0787-0.0225-0.14437.353538.7692-18.8883
115.6039-0.3422-1.52132.3888-0.55695.0921-0.04310.14970.5170.10510.0803-0.1555-0.54560.2066-0.0371-0.0597-0.0894-0.0133-0.18070.0799-0.0111-2.256959.2126-11.1868
122.405-0.286-0.07362.2097-0.4092.164-0.06860.355-0.068-0.27640.09160.16640.29570.0715-0.0231-0.0649-0.0413-0.0197-0.07650.0312-0.1541-4.317343.2455-14.8983
131.04792.3979-1.17760.86083.28361.9198-0.05410.3433-0.36-0.31480.03430.35280.3661-0.33630.01970.155-0.1406-0.1274-0.1542-0.0803-0.0381-13.563624.9121-20.0325
141.7671-0.16470.16233.57960.50222.8983-0.1047-0.2645-0.24170.08450.09420.33580.513-0.59510.0105-0.1481-0.1190.01830.0118-0.0961-0.0872-55.8325-28.8091-53.3532
154.27640.0738-1.38972.74680.46252.9337-0.02240.19630.5273-0.35860.07970.2158-0.3363-0.2452-0.0573-0.1220.0992-0.0924-0.1163-0.03830.0456-45.7267-6.6596-61.134
162.53070.52550.29811.55310.13771.81030.0224-0.3018-0.05240.1331-0.12140.0060.2673-0.27610.099-0.10450.0217-0.0279-0.027-0.0811-0.0768-44.9269-22.057-51.9138
172.69971.3963-0.48022.5289-0.06872.6475-0.09290.0711-0.1466-0.0497-0.0861-0.29030.2874-0.06680.1789-0.07660.0503-0.0336-0.0861-0.0666-0.0693-40.7262-22.2099-60.2633
183.1566-1.13570.06670.006-2.75081.4798-0.0505-0.1518-0.03940.1002-0.0616-0.0850.18180.03260.1121-0.03860.1446-0.0432-0.07890.05620.1055-31.9862-31.5171-47.8461
19-0.5062-2.61561.40993.549-1.79531.0953-0.0078-0.1532-0.22460.0843-0.0507-0.14890.15560.12690.05850.16830.13510.055-0.21050.10590.029-35.4796-44.565-48.1929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{A|8 - 36}
2X-RAY DIFFRACTION2{A|37 - 293}
3X-RAY DIFFRACTION3{A|294 - 353}
4X-RAY DIFFRACTION4{B|6 - 53}
5X-RAY DIFFRACTION5{B|54 - 162}
6X-RAY DIFFRACTION6{B|163 - 190}
7X-RAY DIFFRACTION7{B|191 - 311}
8X-RAY DIFFRACTION8{B|312 - 353}
9X-RAY DIFFRACTION9{C|6 - 26}
10X-RAY DIFFRACTION10{C|27 - 70}
11X-RAY DIFFRACTION11{C|71 - 124}
12X-RAY DIFFRACTION12{C|125 - 293}
13X-RAY DIFFRACTION13{C|294 - 354}
14X-RAY DIFFRACTION14{D|10 - 70}
15X-RAY DIFFRACTION15{D|71 - 124}
16X-RAY DIFFRACTION16{D|125 - 226}
17X-RAY DIFFRACTION17{D|227 - 293}
18X-RAY DIFFRACTION18{D|294 - 317}
19X-RAY DIFFRACTION19{D|318 - 354}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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