PDB-6grk: Structure of the soluble AhlB of the tripartite alpha-pore formin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6grk

タイトル

Structure of the soluble AhlB of the tripartite alpha-pore forming toxin, AHL, from Aeromonas hydrophila.

要素

AhlB

キーワード

TOXIN (毒素) / Tripartite pore-forming toxin

機能・相同性

Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / membrane => GO:0016020 /

生体膜 / Alpha-helical pore-forming toxin family protein / Alpha-helical pore-forming toxin family protein

機能・相同性情報

生物種

Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.33 Å

データ登録者

Churchill-Angus, A.M. / Wilson, J.S. / Baker, P.J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Identification and structural analysis of the tripartite alpha-pore forming toxin of Aeromonas hydrophila.
著者: Wilson, J.S. / Churchill-Angus, A.M. / Davies, S.P. / Sedelnikova, S.E. / Tzokov, S.B. / Rafferty, J.B. / Bullough, P.A. / Bisson, C. / Baker, P.J.

履歴

登録	2018年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6grk.cif.gz	199.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6grk.ent.gz	160.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6grk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/6grk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/6grk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6grjC 6h2dC 6h2eC 6h2fC 6r1jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k1p-1 6t8d-d 6zz5-1 1923 7a26-4 11978 7can-d 4k1p-3 2wqv-2 6n2c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AhlB

I: AhlB

B: AhlB

116 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: AhlB

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

I: AhlB

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: AhlB

登録者が定義した集合体
38.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.470, 79.810, 111.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.22, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	I-410- HOH

#1: タンパク質	AhlB 分子量: 38734.520 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ) 遺伝子: A9R12_16795 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A081US78, UniProt: A0A454GEH4*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, and 20 % PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.895
1	1	-1/2H+3/2K, -1/2H-1/2K, L	2	0.105

反射

解像度: 2.33→58.34 Å / Num. obs: 49043 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 0.791

反射シェル

解像度: 2.33→2.39 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.33→58.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 8.863 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25361	2504	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22232	-	-	-
obs	0.22391	46538	98.01 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.943 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.57 Å²	0 Å²	1.64 Å²
2-	-	1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.33→58.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7774	0	0	101	7875

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.014	7860
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7271
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.408	1.636	10714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.967	1.637	16957
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.592	5	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.946	25.988	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.384	15	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.087	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.708	4.861	4216
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.705	4.86	4215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.496	7.282	5263
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.496	7.283	5264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.713	5.101	3644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.712	5.102	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.652	7.535	5452
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.705	59.892	9175
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.704	59.903	9169
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.33→2.391 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	195	-
R_work	0.309	3462	-
obs	-	-	99.75 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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