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万見
- PDB-6gmm: Crystal structure of Helicobacter pylori adhesin LabA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gmm
タイトルCrystal structure of Helicobacter pylori adhesin LabA
要素adhesin LabA
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / bacterial adhesin (アドヘシン) / lectin (レクチン) / Helicobacter pylori (ヘリコバクター・ピロリ) / gastric mucosa
機能・相同性SabA, N-terminal extracellular adhesion domain / SabA N-terminal extracellular adhesion domain / Outer membrane protein, Helicobacter / Helicobacter outer membrane protein / Outer membrane beta-barrel protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Paraskevopoulou, V. / Overman, R.C. / Stolnik, S. / Winkler, S. / Gellert, P. / Falcone, F.H. / Schimpl, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L01646X 英国
引用ジャーナル: Current Research in Structural Biology / 年: 2021
タイトル: Structural and binding characterization of the LacdiNAc-specific adhesin (LabA; HopD) exodomain from Helicobacter pylori
著者: Paraskevopoulou, V. / Schimpl, M. / Overman, R.C. / Stolnik, S. / Chen, Y. / Nguyen, L. / Winkler, G.S. / Gellert, P. / Klassen, J.S. / Falcone, F.H.
履歴
登録2018年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adhesin LabA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7891
ポリマ－48,7891
非ポリマー00
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.860, 59.860, 264.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 adhesin LabA


分子量: 48788.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: BW246_00440, BZL55_00170 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W0VQ30
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 % / 解説: bipyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 28 % PEG 2000 MME, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.056→49.537 Å / Num. obs: 31169 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 20.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.242 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.056→2.093 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 1.516 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1558 / CC1/2: 0.599 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.6精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZH7

4zh7


解像度: 2.06→49.537 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.172
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 569 1.84 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.206 30994 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.6427 Å20 Å20 Å2
2--4.6427 Å20 Å2
3----9.2855 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.34 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.06→49.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3229 0 0 173 3402
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013284HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.094466HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1101SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes105HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes477HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3284HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.72
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion456SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4015SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 -1.91 %
Rwork0.251 2716 -
all0.252 2769 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.2603 Å / Origin y: 7.8779 Å / Origin z: -24.0345 Å
111213212223313233
T0.1813 Å2-0.0079 Å2-0.0147 Å2-0.2423 Å2-0.0185 Å2---0.0864 Å2
L0.3586 °20.0241 °2-0.139 °2-0.2659 °2-0.218 °2--3.5042 °2
S-0.0123 Å °-0.0727 Å °-0.0078 Å °-0.0188 Å °0.0469 Å °-0.0227 Å °0.0265 Å °0.1554 Å °-0.0346 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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