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Yorodumi- PDB-6gkz: Crystal structure of Coclaurine N-Methyltransferase (CNMT) bound ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gkz | ||||||
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Title | Crystal structure of Coclaurine N-Methyltransferase (CNMT) bound to N-methylheliamine and SAH | ||||||
Components | Coclaurine N-methyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / N-methylheliamine / Coclaurine N-Methyltransferase | ||||||
Function / homology | (RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase / (RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase activity / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Coclaurine N-methyltransferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Coptis japonica (Japanese goldthread) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.43 Å | ||||||
Authors | Dunstan, M.S. / Levy, C.W. | ||||||
Funding support | United Kingdom, 1items
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Citation | Journal: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / Year: 2018 Title: Structure and Biocatalytic Scope of Coclaurine N-Methyltransferase. Authors: Bennett, M.R. / Thompson, M.L. / Shepherd, S.A. / Dunstan, M.S. / Herbert, A.J. / Smith, D.R.M. / Cronin, V.A. / Menon, B.R.K. / Levy, C. / Micklefield, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gkz.cif.gz | 558.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gkz.ent.gz | 478.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gkz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gkz | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41586.645 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Coptis japonica (Japanese goldthread) / Gene: cnmt / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q948P7, (RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase #2: Chemical | ChemComp-SAH / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.45 Å3/Da / Density % sol: 49.77 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.12 M Ethylene Glycol 0.1 M HEPES/MOPS (pH 7.4) 37.5 % MPD_PEG 1K/PEG 3350 and 1 mM AdoHcy |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: May 28, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→66.929 Å / Num. obs: 60299 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 18.4 % / Net I/σ(I): 17.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.48 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.43→66.929 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.02
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 177.42 Å2 / Biso mean: 39.1761 Å2 / Biso min: 13.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.43→66.929 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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