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- PDB-6gfu: Crystal structure of an ancient sequence-reconstructed Elongation... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gfu
タイトルCrystal structure of an ancient sequence-reconstructed Elongation Factor Tu (node 262)
要素Elongation Factor TuEF-Tu
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / Protein synthesis (タンパク質生合成) / Elongation Factor / Sequence reconstruction / Ancient protein
機能・相同性Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Βバレル / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Majumdar, S. / Tarafder, A.D. / Ge, X. / Kacar, B. / Sanyal, S.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council2014-4423 スウェーデン
Swedish Research Council2016-06264 スウェーデン
Wenner-Gren FoundationUPD 2017-0238 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2017.0055 スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an ancient sequence-reconstructed Elongation Factor Tu (node 262)
著者: Majumdar, S. / Tarafder, A.D. / Ge, X. / Kacar, B. / Sanyal, S.
履歴
登録2018年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation Factor Tu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5773
ポリマ－44,1091
非ポリマー4682
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area840 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.944, 73.691, 113.756
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Elongation Factor Tu / EF-Tu


分子量: 44109.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.54 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol 0.03M of each ethylene glycol (0.3M diethyleneglycol, 0.3M triethyleneglycol, 0.3M tetraethyleneglycol, 0.3M pentaethyleneglycol), 0.1M MOPS/HEPES-Na pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→61.85 Å / Num. obs: 33001 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 10.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.059.61.0522230223180.8130.3511.1112.596
8.92-45.0690.06240544490.9980.0210.06536.499.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.23データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EFC

1efc


解像度: 2→61.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.288 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.149
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2334 1674 5.1 %RANDOM
Rwork0.1786 ---
obs0.1815 31282 98.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.91 Å2 / Biso mean: 35.594 Å2 / Biso min: 21.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.12 Å20 Å20 Å2
2--3.52 Å2-0 Å2
3----2.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→61.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2916 0 29 136 3081
Biso mean--28.33 41.64 -
残基数----386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0192997
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9461.9854073
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03136651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.435385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.79124.309123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.21115501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6361519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02621
LS精密化 シェル解像度: 1.995→2.047 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 122 -
Rwork0.269 2189 -
all-2311 -
obs--95.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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