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- PDB-6ges: Crystal structure of ERK1 covalently bound to SM1-71 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ges
タイトルCrystal structure of ERK1 covalently bound to SM1-71
要素Mitogen-activated protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / kinase (キナーゼ) / covalent inhibitor / MAPK / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of xenophagy / xenophagy / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / ERKs are inactivated / response to epidermal growth factor ...positive regulation of xenophagy / xenophagy / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / ERKs are inactivated / response to epidermal growth factor / Signaling by MAP2K mutants / Signaling by NODAL / RSK activation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / regulation of cellular pH / positive regulation of macrophage proliferation / positive regulation of cyclase activity / outer ear morphogenesis / Regulation of the apoptosome activity / cartilage development / regulation of Golgi inheritance / interleukin-1-mediated signaling pathway / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / positive regulation of macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / Activation of the AP-1 family of transcription factors / face development / MAPK3 (ERK1) activation / ERK/MAPK targets / 仮足 / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of telomere capping / thyroid gland development / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / MAP kinase activity / regulation of ossification / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / phosphatase binding / signal transduction in response to DNA damage / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Signal attenuation / BMP signaling pathway / Schwann cell development / stress-activated MAPK cascade / Growth hormone receptor signaling / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of telomerase activity / sensory perception of pain / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to cadmium ion / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / ERK1 and ERK2 cascade / NPAS4 regulates expression of target genes / cellular response to amino acid starvation / 髄鞘 / RNA Polymerase I Promoter Opening / NCAM signaling for neurite out-growth / phosphotyrosine residue binding / ESR-mediated signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / Regulation of PTEN gene transcription / Signal transduction by L1 / カベオラ / Negative regulation of FGFR3 signaling / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / FCERI mediated MAPK activation / Negative regulation of FGFR2 signaling / FCGR3A-mediated phagocytosis / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Spry regulation of FGF signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / modulation of chemical synaptic transmission / Oncogene Induced Senescence / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / ISG15 antiviral mechanism / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to mechanical stimulus / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6H3 / Chem-EWH / Mitogen-activated protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Suman, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Gray, N.S. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Leveraging Compound Promiscuity to Identify Targetable Cysteines within the Kinome.
著者: Rao, S. / Gurbani, D. / Du, G. / Everley, R.A. / Browne, C.M. / Chaikuad, A. / Tan, L. / Schroder, M. / Gondi, S. / Ficarro, S.B. / Sim, T. / Kim, N.D. / Berberich, M.J. / Knapp, S. / Marto, ...著者: Rao, S. / Gurbani, D. / Du, G. / Everley, R.A. / Browne, C.M. / Chaikuad, A. / Tan, L. / Schroder, M. / Gondi, S. / Ficarro, S.B. / Sim, T. / Kim, N.D. / Berberich, M.J. / Knapp, S. / Marto, J.A. / Westover, K.D. / Sorger, P.K. / Gray, N.S.
履歴
登録2018年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 3
B: Mitogen-activated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,45412
ポリマ－86,5552
非ポリマー1,89810
水5,621312
1
A: Mitogen-activated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4286
ポリマ－43,2781
非ポリマー1,1505
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mitogen-activated protein kinase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0266
ポリマ－43,2781
非ポリマー7485
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.974, 94.041, 64.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 25 - 374 / Label seq-ID: 26 - 375

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 3 / MAPK 3 / ERT2 / Extracellular signal-regulated kinase 1 / ERK-1 / Insulin-stimulated MAP2 kinase / ...MAPK 3 / ERT2 / Extracellular signal-regulated kinase 1 / ERK-1 / Insulin-stimulated MAP2 kinase / MAP kinase isoform p44 / p44-MAPK / Microtubule-associated protein 2 kinase / p44-ERK1


分子量: 43277.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK3, ERK1, PRKM3 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2
参照: UniProt: P27361, 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ

-
非ポリマー , 5種, 322分子

#2: 化合物 ChemComp-6H3 / N-{2-[(5-chloro-2-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]phenyl}propanamide


分子量: 465.978 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28ClN7O
#3: 化合物 ChemComp-EWH / ~{N}-[2-[[5-chloranyl-2-[[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]prop-2-enamide / SM1-71 / N-[2-[[5-クロロ-2-[[4-(4-メチル-1-ピペラジニル)フェニル]アミノ]-4-ピリミジニル]アミノ]フ(以下略)


分子量: 463.963 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26ClN7O
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.69 %
結晶化温度: 277.14 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 34% PEG 4k, 0.2M Li2SO4, 0.1M tris 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→47.02 Å / Num. obs: 44884 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.07→2.13 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3496 / CC1/2: 0.799 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qtb

4qtb


解像度: 2.07→47.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 10.836 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.171 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21261 2228 5 %RANDOM
Rwork0.16954 ---
obs0.17177 42634 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.749 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å2-0 Å2-0.44 Å2
2--1.21 Å2-0 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.07→47.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5700 0 129 312 6141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0155974
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175405
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.7458076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4591.71412675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4135700
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.80118.803234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.12815917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5421543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2762
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0216920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1153.2982801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1153.3012802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9914.933499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9914.9333500
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1783.7863173
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1763.7863173
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9235.5274577
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.34341.3156656
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.34341.3226657
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 11756 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.07→2.124 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 152 -
Rwork0.27 3162 -
obs--99.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7605-1.5201-0.65664.9839-2.39423.6826-0.3094-0.02510.45710.06460.1294-0.34220.124-0.14360.180.0279-0.0142-0.03180.1897-0.02510.075753.82126.22327.675
20.42720.0306-0.17010.1164-0.02510.5555-0.03070.0048-0.0008-0.01360.03310.0091-0.0250.0082-0.00230.0171-0.0147-0.01150.25290.00470.011660.34410.3474.856
31.1353-0.38491.57981.9693-0.51418.49650.0772-0.01420.0184-0.08250.04080.170.1359-0.3696-0.11810.0080.0045-0.00880.15370.02240.07736.90915.91915.233
46.126-2.2363-0.50814.4772.2961.8318-0.30330.0492-0.66430.07150.0870.3969-0.12410.01640.21630.0441-0.00610.01380.19590.02070.091338.714-17.052-5.876
50.7355-0.05030.08610.049-0.12170.5578-0.00080.01190.02050.01320.013-0.00720.01710.0267-0.01220.0163-0.0058-0.00810.2108-0.00370.004933.328-1.229-28.695
60.9663-0.2814-1.93972.23870.943.96360.0699-0.09250.0435-0.11480.0666-0.3435-0.16660.1997-0.13660.02860.00720.00210.24750.01480.071556.048-6.243-17.639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 71
2X-RAY DIFFRACTION2A72 - 349
3X-RAY DIFFRACTION3A350 - 374
4X-RAY DIFFRACTION4B25 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5B73 - 347
6X-RAY DIFFRACTION6B348 - 374

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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