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- PDB-6g60: Choline sulfatase from Ensifer (Sinorhizobium) meliloti cocrystal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g60
タイトルCholine sulfatase from Ensifer (Sinorhizobium) meliloti cocrystalized with choline
要素Choline-sulfataseコリンスルファターゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Choline-sulfatase (コリンスルファターゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


choline biosynthetic process / コリンスルファターゼ / choline-sulfatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
コリンスルファターゼ / Choline sulfatase enzyme C-terminal domain / Choline sulfatase enzyme C terminal / Sulfatases signature 2. / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLINE ION / コリンスルファターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Martinez-Rodriguez, S. / Camara-Artigas, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Structural insights into choline-O-sulfatase reveal the molecular determinants for ligand binding.
著者: Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. / Neira, J.L. / Torres de Pinedo, J.M. / Sanchez, P. / Ortega, E. / Martinez-Rodriguez, S.
履歴
登録2018年3月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年4月24日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 2.12023年3月8日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline-sulfatase
B: Choline-sulfatase
C: Choline-sulfatase
D: Choline-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,77919
ポリマ－232,5924
非ポリマー1,18615
水21,9421218
1
A: Choline-sulfatase
C: Choline-sulfatase
ヘテロ分子

A: Choline-sulfatase
C: Choline-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,68318
ポリマ－232,5924
非ポリマー1,09014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area20110 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area64070 Å2
手法PISA
2
A: Choline-sulfatase
C: Choline-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,8419
ポリマ－116,2962
非ポリマー5457
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area38150 Å2
手法PISA
3
B: Choline-sulfatase
D: Choline-sulfatase
ヘテロ分子

B: Choline-sulfatase
D: Choline-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,87520
ポリマ－232,5924
非ポリマー1,28216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area19130 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area64100 Å2
手法PISA
4
B: Choline-sulfatase
D: Choline-sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,93710
ポリマ－116,2962
非ポリマー6418
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area37720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.538, 206.898, 116.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.170, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-605-

SO4

-
要素

#1: タンパク質
Choline-sulfatase / コリンスルファターゼ


分子量: 58148.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌)
株: 1021 / 遺伝子: betC, R00949, SMc00127 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O69787, コリンスルファターゼ
#2: 化合物
ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン / コリン (栄養素)


分子量: 104.171 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.0 M Lithium sulfate, 0.1M Hepes pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→103.45 Å / Num. obs: 411516 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 27.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 563519 / Scaling rejects: 19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.84-1.872.40.50127428114490.6970.40.645294.1
10.08-103.452.50.023367914530.9980.0170.02835.195.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.84→75.183 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 20.44 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1987 20514 4.98 %
Rwork0.1688 391002 -
obs0.1703 411516 84.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.68 Å2 / Biso mean: 34.0352 Å2 / Biso min: 13.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→75.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16000 0 67 1218 17285
Biso mean--51.37 37.55 -
残基数----2024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116528
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01822553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072970
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.04411681
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.84-1.86090.34347410.2922128361357784
1.8609-1.88280.31296940.2733123551304979
1.8828-1.90580.29176150.2575121871280278
1.9058-1.92990.28847040.243124921319681
1.9299-1.95530.28316480.2343120951274379
1.9553-1.98210.2686590.2195128601351983
1.9821-2.01040.24357980.2113139381473690
2.0104-2.04040.21726970.1982139071460490
2.0404-2.07230.24947610.1945138351459690
2.0723-2.10630.22447080.1983139521466090
2.1063-2.14260.23567580.1993137631452189
2.1426-2.18160.23027010.1902137871448889
2.1816-2.22350.23366320.1882137701440289
2.2235-2.26890.216320.178137191435188
2.2689-2.31830.22656860.1753135121419887
2.3183-2.37220.21326980.1754134851418386
2.3722-2.43150.20956770.1672133141399185
2.4315-2.49730.19216960.1671130121370884
2.4973-2.57070.18516060.1625126721327882
2.5707-2.65370.19776410.1741118601250177
2.6537-2.74860.22656040.1806118821248677
2.7486-2.85860.21776270.1764118401246776
2.8586-2.98870.21596940.1807135381423287
2.9887-3.14630.21237480.1765133041405286
3.1463-3.34340.18977170.1698131801389785
3.3434-3.60160.16696580.1534129901364884
3.6016-3.9640.15877330.1344128061353983
3.964-4.53750.15845970.1271125141311180
4.5375-5.71650.1626370.141114981213574
5.7165-75.24560.17647470.1596140991484691
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3627-0.1073-0.05040.0629-0.04340.3682-0.1398-0.07430.04610.10240.10620.07860.0785-0.1143-0.00060.28130.0355-0.02610.21960.00070.178322.68742.690960.3153
20.0195-0.0437-0.04910.09930.06730.0439-0.0580.09060.0956-0.15190.0485-0.0778-0.0239-0.082-0.00180.3103-0.0254-0.07990.28340.0060.189320.7297.799739.6863
30.3829-0.26870.13960.2764-0.08360.1083-0.1483-0.030.01380.01760.110.0102-0.0264-0.0054-0.01020.26370.0308-0.0240.1885-0.01050.136135.7455-2.035657.1804
40.12030.07960.02030.0760.07010.1133-0.10180.2141-0.1523-0.1570.00810.16380.1227-0.124-0.00020.3758-0.0752-0.05810.3446-0.05640.271611.7142-6.729936.3313
50.2641-0.2737-0.04720.2798-0.06240.1347-0.1333-0.0013-0.07880.08680.06710.08820.1618-0.0641-0.00660.2826-0.0029-0.01090.1976-0.00760.150525.5367-7.92552.4666
60.218-0.1717-0.09820.22620.21690.2308-0.1859-0.0764-0.05010.15520.10230.20770.183-0.1694-0.010.3054-0.02380.03890.29550.0320.23827.8792-2.55660.5776
70.27330.088-0.00950.47180.39790.4175-0.1233-0.00590.1280.0326-0.00440.081-0.0354-0.1321-0.03440.16680.0458-0.01110.28620.0050.210210.826514.048251.598
80.0302-0.0224-0.00620.0043-0.0086-0.002-0.0731-0.25380.0940.36060.1125-0.0539-0.01190.0579-00.45350.0383-0.05630.3495-0.03540.267654.79556.193170.8315
90.4627-0.1473-0.24490.25160.09380.783-0.0116-0.0780.0341-0.02050.105-0.02190.04560.12610.07150.16710.02580.01450.2093-0.03060.159537.9842-36.673492.1749
10-0.0433-0.1102-0.11660.08290.13240.0303-0.0357-0.1331-0.21480.18760.16530.22920.3159-0.32010.01240.2766-0.0657-0.05380.26510.0340.289420.1405-42.072581.7998
110.20440.0031-0.09270.33890.09470.41930.0643-0.14320.0431-0.02520.06270.01250.0345-0.03030.04440.15490.0320.0150.2573-0.02320.144228.744-31.5837102.1277
120.0843-0.03210.08380.0834-0.06590.1460.13380.06090.035-0.12360.0919-0.0183-0.2077-0.3090.00870.21650.02780.02060.32060.07380.229620.7644-27.912371.892
130.23890.0006-0.39750.07240.18550.60930.0821-0.04120.1230.00120.0632-0.0314-0.1051-0.05720.20340.14950.01770.03810.2018-0.01630.156629.5672-26.13491.635
140.1378-0.0344-0.24540.4226-0.28470.6016-0.0288-0.06730.0429-0.01040.1193-0.038-0.07160.26180.1030.1235-0.00210.02050.2619-0.06920.197546.8996-33.118485.926
150.3914-0.37750.05630.3718-0.27671.12920.09850.01860.028-0.14950.0278-0.00040.05250.10450.21810.1571-0.01060.01910.1546-0.03110.166639.4379-36.889268.7281
160.0626-0.0577-0.06760.1393-0.05950.1256-0.0778-0.10090.03850.21320.19010.0622-0.16630.266500.50590.05570.03830.4672-0.00750.453729.772-46.5881113.8196
170.6609-0.1072-0.08220.49930.09090.2427-0.0378-0.02950.22380.0750.06630.05060.00290.04240.00320.15290.0562-0.04970.1803-0.01360.275625.266641.55959.5409
180.20860.12040.03280.1739-0.06250.0610.0240.0550.3169-0.01260.02880.04-0.04950.05970.00010.18410.0231-0.04450.251-0.03880.373632.955249.527857.7407
190.28150.13160.20240.7646-0.12820.27950.1453-0.46190.36870.41310.16910.1764-0.07570.05610.14990.3920.13060.01340.3744-0.26180.4418.545251.887381.701
200.1519-0.00940.02250.1078-0.10640.08950.0032-0.07610.4314-0.03460.02540.0143-0.00810.1426-0.00110.20930.0373-0.05470.2713-0.07760.455432.538156.078763.1876
210.343-0.0098-0.04870.32960.02180.1008-0.01420.01130.3355-0.00620.00720.1584-0.0824-0.0606-0.00610.18840.0727-0.04860.24410.00170.427617.302948.45655.0115
22-0.0155-0.0454-0.04250.22630.14620.0934-0.0527-0.08340.30290.2061-0.03660.09280.0208-0.127-0.08450.17470.1248-0.06090.25740.02890.43818.538844.172458.2577
230.0365-0.0518-0.07910.0650.07770.10720.0329-0.03890.36510.22470.08550.15980.0279-0.01980.02250.19270.13770.06170.2125-0.050.54231.445850.651971.5573
240.0199-0.0022-0.06430.16820.16030.2168-0.1242-0.11560.00670.33720.1310.18690.10840.0090.00450.25450.09680.02460.2443-0.00030.33815.216333.605569.4194
250.18280.05380.03720.16520.0181-0.011-0.08330.18660.3226-0.12840.2251-0.014-0.0340.0010.00010.3257-0.04-0.06280.39370.04160.363144.31532.494646.893
260.22040.17740.10870.2052-0.06660.3045-0.0543-0.0776-0.0209-0.15970.04480.03180.16820.0731-00.37560.04050.06830.22640.01490.305334.0995-76.358289.5565
27-0.0280.0309-0.07020.0607-0.03860.02780.0476-0.11890.0530.33130.091-0.0152-0.11260.1130.00010.39780.1625-0.05390.4958-0.01940.501250.5646-71.5555101.7924
280.15070.2442-0.05380.3535-0.07120.1054-0.0885-0.21060.0245-0.01930.01740.09010.2918-0.0694-00.34230.02620.07770.2840.06770.361328.28-81.3125101.6687
290.10480.039-0.15620.5872-0.00440.8545-0.1371-0.1713-0.2273-0.187-0.0701-0.18780.8190.0352-0.13130.39310.29610.11770.19110.14070.439745.4297-86.572596.8269
300.23130.2422-0.16770.5352-0.20240.0385-0.20230.0035-0.1732-0.30090.1325-0.16460.24660.04040.00560.52530.05270.10120.2499-0.04440.357443.4163-81.576578.3238
310.38260.1520.08590.2513-0.12340.1288-0.2693-0.0079-0.03870.06030.1532-0.36230.2455-0.0471-0.07360.40150.06950.06840.2765-0.05480.338153.2305-67.073380.1598
320.0832-0.1019-0.07780.2548-0.06830.0865-0.2450.0508-0.1394-0.01060.11480.29740.3094-0.1416-0.00010.5221-0.00980.05620.5689-0.02990.54618.2271-66.1501106.2826
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 121 )A5 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 122 through 159 )A122 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 160 through 214 )A160 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 215 through 251 )A215 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 252 through 313 )A252 - 313
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 314 through 431 )A314 - 431
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 432 through 487 )A432 - 487
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 488 through 512 )A488 - 512
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 5 through 121 )B5 - 121
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 122 through 159 )B122 - 159
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 160 through 214 )B160 - 214
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 215 through 251 )B215 - 251
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 252 through 313 )B252 - 313
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 314 through 391 )B314 - 391
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 392 through 472 )B392 - 472
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 473 through 510 )B473 - 510
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 5 through 182 )C5 - 182
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 183 through 214 )C183 - 214
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 215 through 251 )C215 - 251
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 252 through 282 )C252 - 282
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 283 through 360 )C283 - 360
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 361 through 391 )C361 - 391
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 392 through 431 )C392 - 431
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 432 through 472 )C432 - 472
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 473 through 509 )C473 - 509
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 5 through 121 )D5 - 121
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 122 through 159 )D122 - 159
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 160 through 214 )D160 - 214
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 215 through 313 )D215 - 313
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 314 through 431 )D314 - 431
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 432 through 472 )D432 - 472
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 473 through 509 )D473 - 509

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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