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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g02 | ||||||
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タイトル | Complex of neuraminidase from H1N1 influenza virus with tamiphosphor omega-azidohexyl ester | ||||||
![]() | Neuraminidase![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pachl, P. / Pokorna, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: DNA-linked inhibitor antibody assay (DIANA) as a new method for screening influenza neuraminidase inhibitors. 著者: Kozisek, M. / Navratil, V. / Rojikova, K. / Pokorna, J. / Berenguer Albinana, C. / Pachl, P. / Zemanova, J. / Machara, A. / Sacha, P. / Hudlicky, J. / Cisarova, I. / Rezacova, P. / Konvalinka, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 AB![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 42598.449 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 82-468 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NA 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: C3W6G3, ![]() #4: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 809分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/EF8.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EF8.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.28 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 8% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.84→42.72 Å / Num. obs: 71773 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.74 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.138 / Net I/σ(I): 9.06 |
反射 シェル | 解像度: 1.84→1.96 Å / 冗長度: 3.55 % / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 11457 / CC1/2: 0.575 / Rrim(I) all: 0.782 / % possible all: 99 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.033 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.84→42.71 Å
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拘束条件 |
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