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万見
- PDB-6fy7: Concerted dynamics of metallo-base pairs in an A/B-form helical t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fy7
タイトルConcerted dynamics of metallo-base pairs in an A/B-form helical transition (minor species)
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*CP*G)-3')_minor
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / metallated duplex DNA / B-form helix / A-form helix / mercury(II)-mediated base pair
機能・相同性: / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Schmidt, O.P. / Jurt, S. / Johannsen, S. / Karimi, A. / Sigel, R.K.O. / Luedtke, N.W.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation165949 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Concerted dynamics of metallo-base pairs in an A/B-form helical transition.
著者: Schmidt, O.P. / Jurt, S. / Johannsen, S. / Karimi, A. / Sigel, R.K.O. / Luedtke, N.W.
履歴
登録2018年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月13日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_related
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*CP*G)-3')_minor
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*CP*G)-3')_minor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9134
ポリマ－8,5122
非ポリマー4012
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: We performed CD spectroscopy and concentration dependant thermal melting temperature experiments to confirm formation of B-form duplex DNA. We used site-selective 15N-labeling and 199Hg- ...根拠: We performed CD spectroscopy and concentration dependant thermal melting temperature experiments to confirm formation of B-form duplex DNA. We used site-selective 15N-labeling and 199Hg-enriched Hg(ClO4)2 to determine binding site.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1680 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area5220 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*CP*G)-3')_minor


分子量: 4255.778 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION / 水銀


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
313isotropic22D 1H-1H NOESY
323isotropic12D 1H-1H COSY
333isotropic12D 1H-1H TOCSY
343isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
353isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.4 mM polydeoxyribonucleotide, 1.2 mM MERCURY (II) ION, 100% D2O
Label: 1_D2O / 溶媒系: 100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMpolydeoxyribonucleotidenone3
1.2 mMMERCURY (II) IONnone3
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: conditions_3 / pH: 7.35 pD / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyGoddardpeak picking
Xplor-NIH2.46G. Marius Clore, Guillermo Bermejo, John Kuszewski, Charles D. Schwieters, and Nico Tjandra精密化
TopSpin4.0.0.b.16Bruker Biospincollection
Xplor-NIH2.46G. Marius Clore, Guillermo Bermejo, John Kuszewski, Charles D. Schwieters, and Nico Tjandrastructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: 2000 preliminary structures were calculated. The 20 lowest energy structures were subsequently refined. From the 200 calculated refined conformers the 20 lowest energy structures were chosen
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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