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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fv8 | |||||||||
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タイトル | Dimer structure of the MATE family multidrug resistance transporter Aq_128 from Aquifex aeolicus in the outward-facing state | |||||||||
要素 | Aq128 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / MATE class transporter | |||||||||
機能・相同性 | : / Multi antimicrobial extrusion protein / MatE / antiporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / 細胞膜 / Multidrug-efflux transporter 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao, J. / Safarian, S. / Thielmann, Y. / Xie, H. / Wang, J. / Michel, H. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Dimer structure of the MATE family multidrug resistance transporter Aq128 in the outward-facing state 著者: Zhao, J. / Safarian, S. / Thielmann, Y. / Xie, H. / Wang, J. / Michel, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fv8.cif.gz | 176.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fv8.ent.gz | 141.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fv8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/6fv8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fv/6fv8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6fv6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52617.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: aq_128 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: O66528 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.23 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris 0.2 M ammonium sulphate 30% PEG 500 MME(v/v) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. obs: 23304 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 79.62 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.15 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.712 / Num. unique obs: 2291 / CC1/2: 0.731 / Rpim(I) all: 0.442 / Rrim(I) all: 0.84 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6FV6 解像度: 3→19.926 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.17
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→19.926 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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