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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fsu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E.coli BamA beta-barrel with a C-terminal extension | ||||||
要素 | Outer membrane protein assembly factor BamA | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zahn, M. / Hartmann, J.-B. / Hiller, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018 タイトル: Sequence-Specific Solution NMR Assignments of the beta-Barrel Insertase BamA to Monitor Its Conformational Ensemble at the Atomic Level. 著者: Hartmann, J.B. / Zahn, M. / Burmann, I.M. / Bibow, S. / Hiller, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fsu.cif.gz | 316.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fsu.ent.gz | 259 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fsu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fsu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/6fsu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4n75S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 412 - 819 / Label seq-ID: 13 - 420
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47029.902 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: bamA, yaeT, Z0188, ECs0179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A942 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 22 % (w/v) PEG 400, 0.07 M NaCl, 0.05 M sodium citrate pH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→66.84 Å / Num. obs: 34607 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 7.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.72 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 1.072 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4151 / CC1/2: 0.647 / Rpim(I) all: 0.768 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4N75 解像度: 2.6→66.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 35.924 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.626 / ESU R Free: 0.343 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.603 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→66.84 Å
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拘束条件 |
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