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- PDB-6fgj: Crystal structure of the small alarmone synthethase 2 from Staphy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fgj
タイトルCrystal structure of the small alarmone synthethase 2 from Staphylococcus aureus
要素GTP pyrophosphokinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Stringent response / alarmone (アラーモン) / RelP / SAS2 / MRSA (メチシリン耐性黄色ブドウ球菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP diphosphokinase activity / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / GTP diphosphokinase / kinase activity / リン酸化
類似検索 - 分子機能
Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / GTP pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者Bange, G. / Steinchen, W. / Vogt, M. / Altegoer, F.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural and mechanistic divergence of the small (p)ppGpp synthetases RelP and RelQ.
著者: Steinchen, W. / Vogt, M.S. / Altegoer, F. / Giammarinaro, P.I. / Horvatek, P. / Wolz, C. / Bange, G.
履歴
登録2018年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP pyrophosphokinase
B: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4894
ポリマ－56,1882
非ポリマー3002
水59433
1
A: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子

A: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子

B: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子

B: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9778
ポリマ－112,3774
非ポリマー6014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z+1/41
crystal symmetry operation5_454-x-1/2,y+1/2,-z-1/41
2
B: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子

B: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子

A: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子

A: GTP pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9778
ポリマ－112,3774
非ポリマー6014
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_444-y-1,-x-1,-z-1/21
crystal symmetry operation3_444-y-1/2,x-1/2,z-1/41
crystal symmetry operation5_444-x-1/2,y-1/2,-z-1/41
Buried area10680 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area37580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.802, 71.802, 190.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 GTP pyrophosphokinase / GTP pyrophosphokinase ywaC / RelA/SpoT domain protein


分子量: 28094.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: ywaC, AB454_12730, AB466_12625, AB478_12605, AB526_12980, AFO97_10970, AFP37_10975, EP54_00695, EQ90_03295, ERS072738_01254, ERS074020_00750, HMPREF3211_00175
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W8U368, GTP diphosphokinase
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate, 30% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→49.06 Å / Num. obs: 24257 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0364 / Net I/σ(I): 20.37
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 10417 / CC1/2: 0.85 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DEC

5dec


解像度: 2.251→49.06 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2482 1226 5.06 %
Rwork0.1997 --
obs0.2022 24250 98.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→49.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3261 0 20 33 3314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013352
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2674508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8352074
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007568
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2507-2.34090.35961210.2882467X-RAY DIFFRACTION98
2.3409-2.44740.33011220.25332535X-RAY DIFFRACTION100
2.4474-2.57640.30371240.2292537X-RAY DIFFRACTION99
2.5764-2.73780.30281410.24552520X-RAY DIFFRACTION99
2.7378-2.94920.27861270.25022561X-RAY DIFFRACTION100
2.9492-3.24590.31941500.2352514X-RAY DIFFRACTION98
3.2459-3.71550.25781370.19882597X-RAY DIFFRACTION100
3.7155-4.68050.24641630.16732559X-RAY DIFFRACTION98
4.6805-49.07640.1891410.18122734X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06190.8608-0.22921.6897-0.13842.02760.01890.0848-0.16530.0327-0.063-0.16230.0980.0692-0.00070.4021-0.0208-0.06860.42260.02330.3811-16.5939-15.9181-14.7986
22.0369-0.09720.69272.0012-0.07691.56920.01240.09520.5155-0.2847-0.14750.1032-0.4945-0.2165-0.0030.69530.1792-0.06940.4694-0.12480.584-31.9687-20.0876-42.3984
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:229)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 32:229)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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