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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fd1 | ||||||
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タイトル | 7-FE FERREDOXIN FROM AZOTOBACTER VINELANDII LOW TEMPERATURE, 1.35 A | ||||||
要素 | 7-FE FERREDOXIN I (FD1) | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / IRON-SULFUR (鉄硫黄タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Azotobacter vinelandii (窒素固定) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Stout, C.D. / Stura, E.A. / Mcree, D.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structure of Azotobacter vinelandii 7Fe ferredoxin at 1.35 A resolution and determination of the [Fe-S] bonds with 0.01 A accuracy. 著者: Stout, C.D. / Stura, E.A. / McRee, D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6fd1.cif.gz | 90.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6fd1.ent.gz | 67.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6fd1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fd1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/6fd1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5fd1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12059.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00214 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-F3S / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.38 % 解説: ALL DATA INCLUDING NEGATIVE I'S WERE USED WERE PROCESSED IN POINT GROUP 422 - PRESERVE BIJVOET PAIRS | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.8 詳細: PROTEIN CRYSTALLIZED FROM 4.8M AMMONIUM SULFATE, 0.45M TRIS-HCL, PH 7.8 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method詳細: anaerobic conditions, Martin, A.E., (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA., 87, 598. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.08 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→100 Å / Num. obs: 57315 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.38 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.747 / % possible all: 72 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.057 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 5FD1 解像度: 1.35→100 Å / Num. parameters: 9211 / Num. restraintsaints: 10844 / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 0 / StereochEM target val spec case: FE CLUSTERS NOT RESTRAINED / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: FREE R USED UNTIL LAST CYCLE WHEN ALL DATA WAS INCLUDED.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 776 / Occupancy sum non hydrogen: 1011.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→100 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Rfactor all: 0.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |