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Yorodumi- PDB-6fac: CRYSTAL STRUCTURE OF THE DEAH-BOX HELICASE PRP2 IN COMPLEX WITH ADP -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fac | ||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF THE DEAH-BOX HELICASE PRP2 IN COMPLEX WITH ADP | ||||||
Components | Putative mRNA splicing factor | ||||||
Keywords | HYDROLASE / SPLICING / ATPASE / HELICASE / G-PATCH | ||||||
Function / homology | Function and homology information nucleic acid binding / hydrolase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Schmitt, A. / Hamann, F. / Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr D Struct Biol / Year: 2018 Title: Crystal structure of the spliceosomal DEAH-box ATPase Prp2. Authors: Schmitt, A. / Hamann, F. / Neumann, P. / Ficner, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fac.cif.gz | 282.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fac.ent.gz | 225.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fac.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/6fac | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6fa5C 6fa9C 6faaSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 72920.586 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: residues 3- 610 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C-terminal His6-tag / Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Strain: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / Gene: CTHT_0063660 / Plasmid: pASG-IBA25 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: G0SEG4 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-ADP / | ||
#3: Chemical | ChemComp-MG / | ||
#4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.6 Å3/Da / Density % sol: 52.65 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.06 M MgCl2/CaCl2, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20% (w/v) Etylene glycol, 10% (w/v) PEG 8000 PH range: 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.976 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 8, 2015 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.976 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→46.41 Å / Num. obs: 46873 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.08 % / Biso Wilson estimate: 44.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.045 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 20.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6FAA Resolution: 2.05→46.41 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.8
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 170.27 Å2 / Biso mean: 62.6302 Å2 / Biso min: 21.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→46.41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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