[日本語] English
万見
- PDB-6f45: Crystal structure of the gp37-gp38 adhesin tip complex of the bac... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6f45
タイトルCrystal structure of the gp37-gp38 adhesin tip complex of the bacteriophage S16 long tail fiber
要素
  • Long tail fiber distal subunit
  • Receptor recognition protein
キーワードVIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Bacteriophage (ファージ) / Helical sandwich / Tail fiber / polyglycine
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, fiber / virus tail / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell
類似検索 - 分子機能
Receptor-recognising protein Gp38 / Phage tail fibre adhesin Gp38 / Chaperone of endosialidase / Intramolecular chaperone auto-processing domain / Intramolecular chaperone auto-processing (ICA) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
イミダゾール / Long tail fiber protein p37 / Protein Gp38
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella phage vB_SenMS16 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.70355818561 Å
データ登録者Dunne, M. / Leiman, P. / Klumpp, J. / Loessner, M.J.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
ETH ZurichETH-08 14-1 スイス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Salmonella Phage S16 Tail Fiber Adhesin Features a Rare Polyglycine Rich Domain for Host Recognition.
著者: Dunne, M. / Denyes, J.M. / Arndt, H. / Loessner, M.J. / Leiman, P.G. / Klumpp, J.
履歴
登録2017年11月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: Receptor recognition protein
A: Long tail fiber distal subunit
B: Long tail fiber distal subunit
C: Long tail fiber distal subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,11923
ポリマ－92,5844
非ポリマー1,53519
水10,323573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, mass spectrometry, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14950 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.337, 98.904, 140.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-905-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 DABC

#1: タンパク質 Receptor recognition protein / S16 gp38


分子量: 25678.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella phage vB_SenMS16 (ファージ)
プラスミド: pETDuet-1::*S16LTF::gp57A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: M1EBB2
#2: タンパク質 Long tail fiber distal subunit


分子量: 22301.877 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella phage vB_SenMS16 (ファージ)
プラスミド: pETDuet-1::*S16LTF::gp57A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: M1EAS5

-
非ポリマー , 5種, 592分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.93 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 35% (v/v) Hexylene Glycol, 200 mM Magnesium Chloride, 100 mM Imidazole, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→46.76 Å / Num. obs: 118554 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.86 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 16.66
反射 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / 冗長度: 6.69 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 18499 / CC1/2: 0.929 / Rpim(I) all: 0.208 / Rrim(I) all: 0.759 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSVersion 07/17/15データ削減
SCALA1.10.28データスケーリング
PARROT1.0.3位相決定
ARP/wARP7.5モデル構築
Coot0.8.8モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.70355818561→46.7595775248 Å / SU ML: 0.203424537499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35771390336 / 位相誤差: 19.4561560506
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184628024235 5924 4.99974680553 %
Rwork0.151689260471 --
obs0.15333184313 118486 99.2744151753 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 29.4702363728 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.70355818561→46.7595775248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3321 0 101 573 3995
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01600911130633556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.378181798274858
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107737501684497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00910332476577654
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.19291758111952
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7036-1.72290.3447461708471630.3043870809333003X-RAY DIFFRACTION79.7883064516
1.7229-1.74320.2972613692432000.2647737325983773X-RAY DIFFRACTION99.9748364368
1.7432-1.76440.2949909104972020.2559089045733801X-RAY DIFFRACTION99.9001746943
1.7644-1.78680.2949294112421990.2359907283533774X-RAY DIFFRACTION99.8743086978
1.7868-1.81030.2475836848532010.2306172094023778X-RAY DIFFRACTION99.899573186
1.8103-1.83510.2572294035352010.2027765100173779X-RAY DIFFRACTION99.9748806832
1.8351-1.86130.2456845732582010.1909237908753747X-RAY DIFFRACTION99.9493670886
1.8613-1.88910.196373476032000.1811381064293806X-RAY DIFFRACTION99.9251683712
1.8891-1.91860.2490122905811970.1766662719023722X-RAY DIFFRACTION99.9744897959
1.9186-1.95010.2223989421682000.1653815838043819X-RAY DIFFRACTION99.9005717127
1.9501-1.98370.2140834996011980.1787204537523768X-RAY DIFFRACTION99.9244142101
1.9837-2.01980.2359354201211980.1804771194513782X-RAY DIFFRACTION100
2.0198-2.05860.2086420063082060.1706007898713806X-RAY DIFFRACTION100
2.0586-2.10060.2194739710381960.1649690487613737X-RAY DIFFRACTION100
2.1006-2.14630.1995091590472000.1650330036253797X-RAY DIFFRACTION100
2.1463-2.19620.2008878033881990.1564981213473796X-RAY DIFFRACTION100
2.1962-2.25120.1922181896741910.1493082084063738X-RAY DIFFRACTION99.9491223607
2.2512-2.3120.1628442349042040.1442756255833803X-RAY DIFFRACTION99.9251870324
2.312-2.38010.1904722195671980.1480929719463780X-RAY DIFFRACTION99.8243412798
2.3801-2.45690.1759158313612010.149018000683785X-RAY DIFFRACTION100
2.4569-2.54470.2100013978331960.1498061560193743X-RAY DIFFRACTION100
2.5447-2.64660.1693561965271940.1496262214543793X-RAY DIFFRACTION99.9498621208
2.6466-2.7670.1898017651111960.1419427357523766X-RAY DIFFRACTION100
2.767-2.91290.1830372226782060.1408456095833813X-RAY DIFFRACTION99.9005717127
2.9129-3.09530.1648291843751930.1381574460453734X-RAY DIFFRACTION99.8474446987
3.0953-3.33430.1594910910951980.1356044555393776X-RAY DIFFRACTION100
3.3343-3.66970.1581646446081980.1368267689863789X-RAY DIFFRACTION100
3.6697-4.20040.1628936240881960.1309856995123775X-RAY DIFFRACTION100
4.2004-5.29090.1593665273441950.1241107139013805X-RAY DIFFRACTION99.9750062484
5.2909-46.77720.1687254095221970.1653956801463774X-RAY DIFFRACTION99.8742454728

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る