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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6f3v | |||||||||||||||
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タイトル | Backbone structure of bradykinin (BK) peptide bound to human Bradykinin 2 Receptor (B2R) determined by MAS SSNMR | |||||||||||||||
要素 | Bradykinin (BK) | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cell adhesion / negative regulation of blood coagulation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / platelet alpha granule lumen / negative regulation of proteolysis / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / vasodilation ...negative regulation of cell adhesion / negative regulation of blood coagulation / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / platelet alpha granule lumen / negative regulation of proteolysis / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / vasodilation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / 凝固・線溶系 / Platelet degranulation / heparin binding / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / 炎症 / positive regulation of apoptotic process / 小胞体 / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 個体NMR / torsion angle dynamics | |||||||||||||||
データ登録者 | Mao, J. / Lopez, J.J. / Shukla, A.K. / Kuenze, G. / Meiler, J. / Schwalbe, H. / Michel, H. / Glaubitz, C. | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018 タイトル: The molecular basis of subtype selectivity of human kinin G-protein-coupled receptors. 著者: Joedicke, L. / Mao, J. / Kuenze, G. / Reinhart, C. / Kalavacherla, T. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Schwalbe, H. / Meiler, J. / Preu, J. / Michel, H. / Glaubitz, C. #1: ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2008 タイトル: The structure of the neuropeptide bradykinin bound to the human G-protein coupled receptor bradykinin B2 as determined by solid-state NMR spectroscopy. 著者: Lopez, J.J. / Shukla, A.K. / Reinhart, C. / Schwalbe, H. / Michel, H. / Glaubitz, C. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6f3v.cif.gz | 35.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6f3v.ent.gz | 25.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6f3v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/6f3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/6f3v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6f27C 6f3wC 6f3xC 6f3yC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1062.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: bradykinin reptile bound to human B2R / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01042*PLUS |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 個体NMR | ||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 125 mM / Label: LT / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 200 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |