PDB-6f15: GLIC mutant H127Q

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6f15

タイトル

GLIC mutant H127Q

要素

Proton-gated ion channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) /

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

sodium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane transporter complex /

potassium channel activity /

regulation of membrane potential / transmembrane signaling receptor activity / neuron projection /

シグナル伝達 / identical protein binding /

細胞膜
類似検索 - 分子機能

生物種

Gloeobacter violaceus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Hu, H.D. / Delarue, M.

引用

ジャーナル: PLoS Biol. / 年: 2017
タイトル: Full mutational mapping of titratable residues helps to identify proton-sensors involved in the control of channel gating in the Gloeobacter violaceus pentameric ligand-gated ion channel.
著者: Nemecz, A. / Hu, H. / Fourati, Z. / Van Renterghem, C. / Delarue, M. / Corringer, P.J.

履歴

登録	2017年11月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6f15.cif.gz	666.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6f15.ent.gz	553.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6f15.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f1/6f15	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f0iC 6f0jC 6f0mC 6f0nC 6f0rC 6f0uC 6f0vC 6f0zC 6f10C 6f11C 6f12C 6f13C 6f16C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hzw-d 6hj3-d 6hz1-d 4ila-d 4hfi-d 6f16-d 6f0u-d 6f10-d 6f0z-d 6hjz-2 6hjb-d 3tlv-d 6f12-d 6hjz-1 6hyv-d 6f0j-d 5mvm-d 4hfh-d 6f0n-d 4hfe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (8) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (5) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Proton-gated ion channel

B: Proton-gated ion channel

C: Proton-gated ion channel

D: Proton-gated ion channel

E: Proton-gated ion channel

ヘテロ分子

192 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	183.210, 133.100, 161.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.82, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABCDE

#1: タンパク質	Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC 分子量: 36251.641 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421) (バクテリア) 株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NDN8
#6: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 5種, 105分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン分子量: 622.834 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₆₅NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.22 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 100 mM NaAcetate pH 4 400mM NaSCN 12-15% PEG4000 165% glycerol 3%DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 190 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→49.86 Å / Num. obs: 88185 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 66.8 Å² / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.85→2.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.85→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8717 / SU R Cruickshank DPI: 0.486 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.432 / SU R_free Blow DPI: 0.28 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.294

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2293	3626	4.95 %	RANDOM
R_work	0.2012	-	-	-
obs	0.2026	73315	83.06 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0834 Å²	0 Å²	-6.2284 Å²
2-	-	10.3436 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.2601 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.386 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.85→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12675	0	415	72	13162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	13391	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	18205	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		4624	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		270	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1905	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		13391	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.87
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.81
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1775	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14529	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3217	81	4.04 %
R_work	0.2597	1926	-
all	0.2624	2007	-
obs	-	-	30.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7316	-0.286	0.5279	0.7099	-0.3287	2.3879	0.1458	0.6368	0.2586	-0.0046	0.0193	0.0827	-0.369	-0.6985	-0.1651	-0.1575	0.2647	-0.0281	0.2121	0.2066	-0.3682	40.6688	-6.615	30.6967
2	2.2643	0.1536	0.984	0.4215	0.105	2.5169	0.0836	0.7548	-0.0238	0.0948	-0.0397	0.1198	-0.0306	-0.6014	-0.0439	-0.3193	0.1503	-0.0807	0.4508	-0.0169	-0.3641	28.4353	-27.9745	36.5771
3	1.872	0.0708	0.8172	0.6541	0.2383	2.7096	0.0409	0.8272	-0.3954	-0.0024	-0.0729	0.0547	0.2763	-0.4129	0.032	-0.3006	-0.0371	-0.1046	0.2693	-0.2395	-0.2913	42.6784	-47.6598	29.5275
4	1.5338	0.0927	0.0635	0.5942	0.3233	2.994	-0.0474	0.8303	-0.2538	-0.103	-0.0221	-0.1195	-0.0721	-0.3646	0.0695	-0.2698	0.0514	-0.094	0.1779	-0.2235	-0.3137	63.7726	-38.4567	18.8068
5	1.2825	-0.1927	0.5546	0.6878	-0.4272	3.5843	0.1501	0.7107	0.2638	-0.1226	-0.098	-0.1607	-0.2149	-0.3847	-0.0521	-0.1701	0.1773	-0.0171	0.2188	0.1326	-0.3512	62.4616	-13.1175	19.6011

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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