PDB-6eu7: Structure of the arsenite-bound form of AioX from Rhizobium sp. s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eu7

タイトル

Structure of the arsenite-bound form of AioX from Rhizobium sp. str. NT-26

要素

Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Periplasmic-binding protein /

Arsenic (ヒ素) / arsenite-binding / Rhizobium NT-26

機能・相同性

ABC transporter, phosphonate, periplasmic substrate-binding protein / Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium sp. NT-26 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Djordjevic, S. / Badilla, C. / Cole, A. / Santini, J.

資金援助

チリ,

英国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: A new family of periplasmic-binding proteins that sense arsenic oxyanions.
著者: Badilla, C. / Osborne, T.H. / Cole, A. / Watson, C. / Djordjevic, S. / Santini, J.M.

履歴

登録	2017年10月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eu7.cif.gz	307.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eu7.ent.gz	250.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eu7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eu7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/6eu7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eskSC 6esvC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7l22-d 5lq1-1 4zom-4 6x8w-d 3d15-d 4zjr-3 2glu-1 3k2d-2 5uh0-2 3ore-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

B: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

C: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

D: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

E: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

F: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

188 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
31.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	202.359, 116.917, 136.838
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.02, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	45 - 303	24 - 282
2	1	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	45 - 303	24 - 282
1	2	ARG	ARG	GLY	GLY	A	A	45 - 304	24 - 283
2	2	ARG	ARG	GLY	GLY	C	C	45 - 304	24 - 283
1	3	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	48 - 303	27 - 282
2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	48 - 303	27 - 282
1	4	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	48 - 303	27 - 282
2	4	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	48 - 303	27 - 282
1	5	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	48 - 303	27 - 282
2	5	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	48 - 303	27 - 282
1	6	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	45 - 303	24 - 282
2	6	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	45 - 303	24 - 282
1	7	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	48 - 303	27 - 282
2	7	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	48 - 303	27 - 282
1	8	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	48 - 303	27 - 282
2	8	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	48 - 303	27 - 282
1	9	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	48 - 303	27 - 282
2	9	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	48 - 303	27 - 282
1	10	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	48 - 303	27 - 282
2	10	VAL	VAL	LEU	LEU	D	D	48 - 303	27 - 282
1	11	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	48 - 303	27 - 282
2	11	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	48 - 303	27 - 282
1	12	VAL	VAL	LEU	LEU	C	C	48 - 303	27 - 282
2	12	VAL	VAL	LEU	LEU	F	F	48 - 303	27 - 282
1	13	VAL	VAL	GLY	GLY	D	D	48 - 304	27 - 283
2	13	VAL	VAL	GLY	GLY	E	E	48 - 304	27 - 283
1	14	VAL	VAL	GLY	GLY	D	D	48 - 304	27 - 283
2	14	VAL	VAL	GLY	GLY	F	F	48 - 304	27 - 283
1	15	VAL	VAL	GLY	GLY	E	E	48 - 304	27 - 283
2	15	VAL	VAL	GLY	GLY	F	F	48 - 304	27 - 283

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
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15

#1: タンパク質	Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX 分子量: 31253.197 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residue CZS is an arsenite-modified cysteine 由来: (組換発現) Rhizobium sp. NT-26 (バクテリア) 遺伝子: aioX, NT26_p10026 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0NML6
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative periplasmic phosphite-binding-like protein (Pbl) PtxB-like protein designated AioX

分子量: 31253.197 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residue CZS is an arsenite-modified cysteine
由来: (組換発現)

Rhizobium sp. NT-26 (バクテリア)
遺伝子: aioX, NT26_p10026 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0NML6

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.5 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 / 詳細: 25 % PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl / PH範囲: 7-9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.917 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→136.838 Å / Num. obs: 62521 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 3→3.07 Å / R_merge(I) obs: 0.587 / CC_1/2: 0.651

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6ESK

6esk

解像度: 3→136.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 14.906 / SU ML: 0.255 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.632 / ESU R Free: 0.3 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21495	3194	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19222	-	-	-
obs	0.19344	59325	97.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.286 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.42 Å²	0 Å²	-0.11 Å²
2-	-	1.63 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→136.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12167	0	0	2	12169

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	12410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.659	1.956	16831
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.448	5	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.629	23.163	588
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.804	15	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.215	15	114
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	9490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.451	6.034	6202
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.325	9.042	7742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.12	6.11	6208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	13.042	56.179	53678
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.364	257	-
R_work	0.316	4405	-
obs	-	-	98.9 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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