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- PDB-6eo4: Physcomitrella patens BBE-like 1 wild-type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6eo4
タイトルPhyscomitrella patens BBE-like 1 wild-type
要素PpBBE-like 1
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / BBE-like / VAO / cellobiose (セロビオース) / bi-covalent / flavin
機能・相同性
機能・相同性情報


FAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 ...Berberine/berberine-like / Berberine and berberine like / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / FAD-binding PCMH-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrella patens subsp. patens (ヒメツリガネゴケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Toplak, M. / Winkler, A. / Macheroux, P.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundP28678 オーストリア
Austrian Science FundW901 オーストリア
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2018
タイトル: The single berberine bridge enzyme homolog of Physcomitrella patens is a cellobiose oxidase.
著者: Toplak, M. / Wiedemann, G. / Ulicevic, J. / Daniel, B. / Hoernstein, S.N.W. / Kothe, J. / Niederhauser, J. / Reski, R. / Winkler, A. / Macheroux, P.
履歴
登録2017年10月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PpBBE-like 1
B: PpBBE-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,2586
ポリマ－105,2452
非ポリマー2,0144
水18010
1
A: PpBBE-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6293
ポリマ－52,6221
非ポリマー1,0072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PpBBE-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6293
ポリマ－52,6221
非ポリマー1,0072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)149.230, 149.230, 205.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 PpBBE-like 1


分子量: 52622.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Physcomitrella patens subsp. patens (ヒメツリガネゴケ)
遺伝子: PHYPADRAFT_234241 / 発現宿主: Komagataella phaffii (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H - PDI / 参照: UniProt: A0A2K1JP57*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.22 % / 解説: bipyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Mg(OOCH)2, 13/14 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月24日
放射モノクロメーター: Si-111 and Si-113 reflection / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→48.592 Å / Num. obs: 52047 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 25.917 % / Biso Wilson estimate: 69.13 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.264 / Rrim(I) all: 0.269 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.9-326.5312.4051.6449430.6622.451100
3-3.127.0681.8612.2243450.7671.89799.9
3.1-3.226.7691.3483.0937940.8741.37499.9
3.2-3.326.350.974.3133850.9280.989100
3.3-3.525.2410.6955.7656420.9630.71100
3.5-426.410.35910.8796910.9890.366100
4-625.8080.15921.9140400.9970.162100
6-1024.5120.09530.7447870.9990.097100
10-48.59222.0820.0643.114200.9990.06198.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PpBBE-like 1 D396N variant

解像度: 2.9→48.592 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 2601 5 %
Rwork0.1824 --
obs0.1837 52038 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 131.02 Å2 / Biso mean: 61.0577 Å2 / Biso min: 35.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→48.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7158 0 134 10 7302
Biso mean--66.47 50.61 -
残基数----925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097505
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05310257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561117
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.5564297
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.9001-2.95280.35491350.301125692704
2.9528-3.00960.31271350.28825622697
3.0096-3.0710.33511340.283525412675
3.071-3.13780.32181340.274325512685
3.1378-3.21070.30371340.282225802714
3.2107-3.2910.31281350.257925642699
3.291-3.380.27551360.233825692705
3.38-3.47940.24331360.227925762712
3.4794-3.59170.25151350.223425652700
3.5917-3.720.20911370.198825802717
3.72-3.86890.20361360.192725822718
3.8689-4.04490.2241360.176325972733
4.0449-4.2580.18831370.149626002737
4.258-4.52460.17921370.135226032740
4.5246-4.87370.13661370.121425972734
4.8737-5.36360.16771380.126926372775
5.3636-6.13840.18811400.153226502790
6.1384-7.72870.16421410.16326872828
7.7287-48.59850.18661480.174528272975

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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