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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6emp | ||||||
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タイトル | Solution structure of the LEDGF/p75 IBD - POGZ (aa 1370-1404) complex | ||||||
要素 | PC4 and SFRS1-interacting protein,Pogo transposable element with ZNF domain | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / protein-protein complex / epigenetics (エピジェネティクス) / leukemia (白血病) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 kinetochore assembly / supercoiled DNA binding / mitotic sister chromatid cohesion / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection ...kinetochore assembly / supercoiled DNA binding / mitotic sister chromatid cohesion / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / 2-LTR circle formation / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / mRNA 5'-splice site recognition / ヘテロクロマチン / nuclear periphery / double-strand break repair via homologous recombination / ユークロマチン / response to heat / DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / chromatin binding / クロマチン / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Veverka, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Affinity switching of the LEDGF/p75 IBD interactome is governed by kinase-dependent phosphorylation. 著者: Sharma, S. / Cermakova, K. / De Rijck, J. / Demeulemeester, J. / Fabry, M. / El Ashkar, S. / Van Belle, S. / Lepsik, M. / Tesina, P. / Duchoslav, V. / Novak, P. / Hubalek, M. / Srb, P. / ...著者: Sharma, S. / Cermakova, K. / De Rijck, J. / Demeulemeester, J. / Fabry, M. / El Ashkar, S. / Van Belle, S. / Lepsik, M. / Tesina, P. / Duchoslav, V. / Novak, P. / Hubalek, M. / Srb, P. / Christ, F. / Rezacova, P. / Hodges, H.C. / Debyser, Z. / Veverka, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6emp.cif.gz | 1.7 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6emp.ent.gz | 1.4 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6emp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/6emp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5yi9C 6emoC 6emqC 6emrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16036.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: PSIP1, DFS70, LEDGF, PSIP2, POGZ, KIAA0461, SUHW5, ZNF280E, ZNF635, Nbla00003 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75475, UniProt: Q7Z3K3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] LEDGF/p75 IBD-POGZ, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O Label: s1 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 200 mM / Label: c1 / pH: 7 / 圧: arbitraty Pa / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 40 |