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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6elj | ||||||
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タイトル | FAB Fragment. AbVance: Increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision making in antibody drug discovery | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Benz, J. / Weigand, S. / Dengl, S. / Schlothauer, T. / Auer, J. / Ehler, A. / Kettenberger, H. / Lorenz, S. / Hirschheydt, T. / Georges, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: AbVance: increasing our knowledge of antibody structural space to enable faster and better decision making in antibody drug discovery 著者: Benz, J. / Georges, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 344.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 281.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | ![]() 分子量: 24570.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | ![]() 分子量: 23552.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Na cacodylat 6.5 pH 25 %w/v PEG 4K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.9→44.24 Å / Num. obs: 67823 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.42 % / Biso Wilson estimate: 31.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 7.55 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rsym value: 0.68 / % possible all: 96.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: in house Fab structure 解像度: 1.9→44.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Blow DPI: 0.135 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.137
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.97 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.24 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→44.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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