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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6dwc | ||||||
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タイトル | Structure of the apo 4497 antibody Fab fragment | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / Antibody (抗体) / Fab / wall teichoic acid / WTA / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
機能・相同性 | 抗体 / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / 酢酸塩 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å | ||||||
データ登録者 | Fong, R. / Lupardus, P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: MAbs / 年: 2018 タイトル: Structural investigation of human S. aureus-targeting antibodies that bind wall teichoic acid. 著者: Fong, R. / Kajihara, K. / Chen, M. / Hotzel, I. / Mariathasan, S. / Hazenbos, W.L.W. / Lupardus, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6dwc.cif.gz | 193.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6dwc.ent.gz | 151.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6dwc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/6dwc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 26485.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: 抗体 | 分子量: 25755.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.16M Calcium Acetate, 0.08 M Sodium Cacodylate, pH 6.5, 14.4% PEG8000, and 20% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.27→156.75 Å / Num. obs: 52278 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 46.73 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 30.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.27→2.39 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 7553 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KVN 解像度: 2.27→89.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9292 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9208 / SU R Cruickshank DPI: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Blow DPI: 0.189 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.185
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.66 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.258 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.27→89.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.27→2.33 Å / Total num. of bins used: 20
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