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- PDB-6dei: Structure of Dse3-Csm1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dei
タイトルStructure of Dse3-Csm1 complex
要素
  • Monopolin complex subunit CSM1
  • Protein DSE3
キーワードProtein Binding/Cell Cycle / monopolin / daughter cell-specific protein / Protein Binding-Cell Cycle complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation / homologous chromosome segregation ...microtubule site clamp / chromosome, centromeric core domain / monopolin complex / meiotic sister chromatid segregation / spindle attachment to meiosis I kinetochore / protein localization to nucleolar rDNA repeats / meiotic chromosome segregation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / rDNA chromatin condensation / homologous chromosome segregation / cellular bud neck / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / 紡錘体 / 核膜 / 細胞周期 / 核小体 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Aspartate Aminotransferase, domain 1 - #80 / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1, C-terminal / Csm1/Pcs1, C-terminal domain superfamily / Monopolin complex subunit Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Chromosome segregation protein Csm1/Pcs1 / Csm1 N-terminal domain / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / TRIETHYLENE GLYCOL / Monopolin complex subunit CSM1 / Protein DSE3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Singh, N. / Corbett, K.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM104141 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: The budding-yeast RWD protein Csm1 scaffolds diverse protein complexes through a conserved structural mechanism.
著者: Singh, N. / Corbett, K.D.
履歴
登録2018年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_related_exp_data_set
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.32018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monopolin complex subunit CSM1
B: Monopolin complex subunit CSM1
C: Protein DSE3
D: Protein DSE3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7537
ポリマ－31,3934
非ポリマー3593
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.442, 51.235, 117.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Monopolin complex subunit CSM1 / / Chromosome segregation in meiosis protein 1


分子量: 12991.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CSM1, SPO86, YCR086W, YCR86W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25651
#2: タンパク質・ペプチド Protein DSE3 / Daughter specific expression protein 3


分子量: 2705.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DSE3, YOR264W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08729
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M NaOAc, 0.1M HEPES pH 7.5, 22% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.99833 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99833 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.699→39.3 Å / Num. obs: 28421 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 1.699→1.73 Å / Num. unique all: 1451 / CC1/2: 0.436 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N4S

3n4s


解像度: 1.699→39.095 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 1999 7.06 %
Rwork0.1887 --
obs0.1911 28297 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→39.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2056 0 24 232 2312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7632859
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6061271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004356
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6992-1.74170.36551360.35141785X-RAY DIFFRACTION97
1.7417-1.78880.34551400.30751844X-RAY DIFFRACTION99
1.7888-1.84140.2861410.27851854X-RAY DIFFRACTION99
1.8414-1.90090.28421420.24671861X-RAY DIFFRACTION100
1.9009-1.96880.25291400.2151842X-RAY DIFFRACTION100
1.9688-2.04760.22291410.20141864X-RAY DIFFRACTION100
2.0476-2.14080.24581420.19651863X-RAY DIFFRACTION100
2.1408-2.25370.23641410.1841861X-RAY DIFFRACTION100
2.2537-2.39490.25231410.16651870X-RAY DIFFRACTION100
2.3949-2.57970.25281450.17231896X-RAY DIFFRACTION100
2.5797-2.83930.21851440.18541889X-RAY DIFFRACTION99
2.8393-3.24990.2121440.16761903X-RAY DIFFRACTION100
3.2499-4.09390.19581480.15391935X-RAY DIFFRACTION100
4.0939-39.10550.16481540.18092031X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.7943 Å / Origin y: 1.2655 Å / Origin z: 11.6193 Å
111213212223313233
T0.1179 Å20.0154 Å20.0128 Å2-0.1133 Å20.0117 Å2--0.1348 Å2
L0.8204 °20.5082 °20.2254 °2-0.9377 °20.3468 °2--0.7095 °2
S0.0048 Å °-0.11 Å °-0.0372 Å °0.1104 Å °-0.0285 Å °-0.034 Å °0.03 Å °0.0349 Å °0.0378 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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