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- PDB-6dc5: RSV prefusion F in complex with AM22 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6dc5
タイトルRSV prefusion F in complex with AM22 Fab
要素
  • Fab AM22 heavy chain
  • Fab AM22 light chain
  • RSV fusion glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Viral fusion glycoprotein / human antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / immunoglobulin complex / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell ...positive regulation of syncytium formation by virus / Assembly and release of respiratory syncytial virus (RSV) virions / Translation of respiratory syncytial virus mRNAs / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / RSV-host interactions / immunoglobulin complex / Maturation of hRSV A proteins / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / 免疫応答 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular space / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Fibritin C-terminal / Fibritin C-terminal region / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Envelope glycoprotein / Fusion glycoprotein F0 / IGH@ protein / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human respiratory syncytial virus A (RSウイルス)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Jones, H.G. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20GM113132 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2019
タイトル: Alternative conformations of a major antigenic site on RSV F.
著者: Jones, H.G. / Battles, M.B. / Lin, C.C. / Bianchi, S. / Corti, D. / McLellan, J.S.
履歴
登録2018年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RSV fusion glycoprotein
D: RSV fusion glycoprotein
G: RSV fusion glycoprotein
B: Fab AM22 heavy chain
C: Fab AM22 light chain
E: Fab AM22 heavy chain
F: Fab AM22 light chain
H: Fab AM22 heavy chain
I: Fab AM22 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,48421
ポリマ－331,8469
非ポリマー1,63812
水0
1
A: RSV fusion glycoprotein
B: Fab AM22 heavy chain
C: Fab AM22 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1617
ポリマ－110,6153
非ポリマー5464
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: RSV fusion glycoprotein
E: Fab AM22 heavy chain
F: Fab AM22 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1617
ポリマ－110,6153
非ポリマー5464
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: RSV fusion glycoprotein
H: Fab AM22 heavy chain
I: Fab AM22 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,1617
ポリマ－110,6153
非ポリマー5464
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.450, 152.180, 202.930
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

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抗体 , 2種, 6分子 BEHCFI

#2: 抗体 Fab AM22 heavy chain


分子量: 24123.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGH@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6GMX6
#3: 抗体 Fab AM22 light chain


分子量: 23273.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TCD0

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ADG

#1: タンパク質 RSV fusion glycoprotein / Protein F


分子量: 63218.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human respiratory syncytial virus A (strain A2) (RSウイルス), (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: A2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03420, UniProt: M1E1E4
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 9分子

#5: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50.55 Å / Num. obs: 52333 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 58.62 Å2 / CC1/2: 0.933 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 3.5→3.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.903 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4425 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MMS, 6DC4

4mms

6dc4


解像度: 3.5→47.231 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.93
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2801 2606 4.98 %
Rwork0.2172 --
obs-52294 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 211.52 Å2 / Biso min: 3.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→47.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20199 0 86 0 20285
Biso mean--40.7 --
残基数----2644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.56360.3171530.2992532X-RAY DIFFRACTION98
3.5636-3.63220.36051260.28862543X-RAY DIFFRACTION99
3.6322-3.70630.36371360.29252586X-RAY DIFFRACTION99
3.7063-3.78680.38021190.29152601X-RAY DIFFRACTION100
3.7868-3.87490.36251130.26852589X-RAY DIFFRACTION100
3.8749-3.97170.30361560.26282600X-RAY DIFFRACTION100
3.9717-4.07910.31421390.25322548X-RAY DIFFRACTION100
4.0791-4.1990.29791550.2282602X-RAY DIFFRACTION100
4.199-4.33450.28531360.21842591X-RAY DIFFRACTION100
4.3345-4.48930.26311520.20942591X-RAY DIFFRACTION100
4.4893-4.66890.27081340.19542585X-RAY DIFFRACTION100
4.6689-4.88110.23881370.18132616X-RAY DIFFRACTION100
4.8811-5.13820.24811340.18432618X-RAY DIFFRACTION100
5.1382-5.45970.23481440.19532638X-RAY DIFFRACTION100
5.4597-5.88050.22061150.19932638X-RAY DIFFRACTION100
5.8805-6.47090.26781370.18772635X-RAY DIFFRACTION100
6.4709-7.40420.26661440.19982659X-RAY DIFFRACTION100
7.4042-9.31680.23651260.16142712X-RAY DIFFRACTION100
9.3168-47.230.24031500.17662804X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03271.0555-0.00781.504-0.19070.0377-0.0589-0.33250.52220.10860.0982-0.3363-0.47890.1566-0.00461.3415-0.0815-0.00220.4216-0.21190.8597-45.774496.388-47.695
26.3266-1.5976-0.49274.62321.39112.2575-0.3341-0.20760.0913-0.34310.2863-0.0906-0.4821-0.06280.0110.6358-0.0180.22451.04110.05030.4566-65.528449.2481-33.731
32.13672.66620.61364.5628-1.22093.3668-0.029-0.1269-0.19210.4207-0.00980.5908-0.4626-0.09650.05310.27420.08770.14740.46110.05680.3332-61.013860.1463-33.4903
40.2983-0.66360.08783.96140.17580.65290.0022-0.15730.0961-0.72350.12550.5079-0.477-0.3718-0.05990.50980.20330.07770.37920.04140.5411-62.750569.3234-45.3252
51.22040.7741-0.08562.85810.07560.8327-0.1427-0.16460.4808-0.13070.1912-0.1222-0.43960.1098-0.03470.94680.186-0.01310.2289-0.21550.5184-49.537291.4059-44.4553
60.24170.13840.07840.1398-0.03370.1194-0.0809-0.27850.7194-0.03840.0977-0.2187-0.6686-0.0756-0.07411.6998-0.0019-0.23450.4738-0.34891.5062-35.6084111.7512-36.9838
72.04430.5763-0.64050.406-0.26840.43470.0720.27990.2142-0.08920.27580.5230.0045-0.4089-0.01730.0995-0.11840.00060.61030.39360.8115-81.730330.6306-43.3663
82.51680.59640.56451.06340.47072.46810.0712-0.248-0.05170.19650.01410.0450.2118-0.179-0.04150.0596-0.05250.04280.29990.08520.5609-85.9045-0.5577-23.8962
91.36740.6159-0.69371.012-0.1370.73160.06110.116-0.0335-0.17170.2298-0.044-0.0069-0.1461-0.0360.057-0.12860.02520.38120.19980.372-61.710924.0698-40.245
102.1040.48080.68511.47760.62261.40450.05780.4527-0.28120.00420.0972-0.0585-0.0070.1557-0.12280.08680.03870.03740.39670.05620.5208-75.0568-6.9288-34.4131
115.7758-0.3977-2.55090.1171-0.07925.5863-0.1735-0.36380.8772-0.0135-0.07350.6581-0.5805-0.14780.22640.99480.4387-0.10180.7049-0.25740.7707-74.9712102.5069-29.7472
120.78050.0985-0.30451.36730.07880.1225-0.3791-0.3925-0.01140.20980.1444-0.2662-0.6258-0.35660.17850.84110.5385-0.07461.072-0.00160.5171-52.639472.2963-16.2443
134.4423-0.52720.49924.8465-1.07883.22090.1733-0.20490.05680.22680.2111-0.1869-0.4302-0.0392-0.35280.15820.06510.06450.337-0.05990.2657-33.708256.724-26.0336
140.2279-0.0643-0.15981.68371.20910.9136-0.2104-0.2945-0.04870.2487-0.10640.4447-0.3171-0.42570.13020.98080.46460.31531.2161-0.09840.543-49.1868.8628-9.6961
150.4555-0.24830.32010.159-0.170.224-0.4616-0.77570.37670.20740.3040.0085-0.6108-0.4464-0.00760.9970.69260.05141.0014-0.3450.6747-60.851888.9432-27.3512
161.83520.37410.92840.3356-0.54592.551-0.1050.0885-0.1888-0.1857-0.1777-0.52450.10530.21180.23731.66020.5118-0.42651.1721-0.71162.0852-59.9691126.8799-21.6761
172.3684-1.13151.25721.5005-1.05841.7638-0.2167-0.40230.04580.28850.22090.0983-0.0280.03940.01180.17480.08510.05960.52580.14380.2558-24.266325.347-13.1357
184.3895-0.0392-0.32882.7886-0.31592.4705-0.07210.056-0.12550.05230.1719-0.3136-0.00870.0872-0.02040.2320.1694-0.04560.52480.12810.33771.97143.527-27.6937
191.6318-0.741-0.20581.7630.27991.46840.042-0.5951-0.122-0.11970.10610.08630.1136-0.068-0.09610.1425-0.0082-0.06530.3630.15350.3146-29.93423.8073-33.5071
200.9283-1.47710.96033.1704-2.26843.09410.2331-0.113-0.2055-0.12590.07080.54010.1859-0.2344-0.27430.17090.0073-0.05190.4870.0580.5286-11.5762-3.7073-33.9361
210.23030.1226-0.0970.08230.02850.2293-0.1696-0.53280.33910.51790.10940.2677-0.4271-0.2528-0.03731.17830.33750.05590.88-0.57790.9544-31.652490.0116-18.607
221.8-2.4666-1.9276.7462-1.76619.6046-0.3649-0.33931.32720.4519-0.1694-0.0217-1.05150.15060.4940.7670.0065-0.07670.5371-0.05790.5998-38.384259.1849-60.4465
233.5495-0.6210.04941.59320.63282.0039-0.12720.20380.3583-0.40160.2710.7056-0.6173-0.3029-0.06360.34150.0388-0.02070.24590.12430.3642-41.491863.7637-51.5952
240.27830.47380.31391.15860.18350.6127-0.058-0.12950.15410.00560.0202-0.5498-0.60590.2441-0.09840.5661-0.17290.13060.3335-0.28791.0196-25.412175.9387-44.4305
250.8438-0.2379-0.13982.7030.77660.685-0.1772-0.74420.39650.39640.2846-0.6015-0.42030.0298-0.20480.5920.1319-0.0450.5646-0.3110.7657-31.986176.3465-32.4169
260.3965-0.1635-0.1450.15430.23690.3799-0.1141-0.24210.4757-0.11520.00330.0328-0.4082-0.2322-0.14151.51940.6954-0.33831.4547-0.94341.0657-44.5262104.3638-8.4211
270.1013-0.1634-0.18110.33160.15110.8563-0.08090.08420.1109-0.27330.1898-0.4457-0.31180.3596-0.14370.4329-0.34530.22150.3444-0.12380.3617-26.575640.8971-76.131
285.27250.0088-0.55183.56150.19243.1260.28010.37420.1338-0.78410.020.1903-0.56330.259-0.23120.5513-0.0832-0.08370.26540.01710.2918-45.303218.354-99.7443
291.81480.31920.22552.14620.10252.21420.149-0.0138-0.06150.2884-0.06870.0842-0.15450.2383-0.09590.151-0.11690.00910.17160.04030.2572-40.228531.0464-63.4771
302.8358-0.4915-1.25482.03471.05372.41120.1743-0.0855-0.3186-0.1318-0.0334-0.0777-0.0960.0232-0.13720.1348-0.0999-0.10050.28450.02520.2275-41.96458.0595-87.4931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 27:62)A27 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 63:73)A63 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 74:98)A74 - 98
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 137:234)A137 - 234
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 235:348)A235 - 348
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 349:509)A349 - 509
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 1:111)B1 - 111
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 112:215)B112 - 215
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 1:105)C1 - 105
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 106:212)C106 - 212
11X-RAY DIFFRACTION11(chain D and resid 26:41)D26 - 41
12X-RAY DIFFRACTION12(chain D and resid 42:67)D42 - 67
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 68:98)D68 - 98
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 137:202)D137 - 202
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 203:475)D203 - 475
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 476:511)D476 - 511
17X-RAY DIFFRACTION17(chain E and resid 1:111)E1 - 111
18X-RAY DIFFRACTION18(chain E and resid 112:215)E112 - 215
19X-RAY DIFFRACTION19(chain F and resid 1:105)F1 - 105
20X-RAY DIFFRACTION20(chain F and resid 106:211)F106 - 211
21X-RAY DIFFRACTION21(chain G and resid 27:62)G27 - 62
22X-RAY DIFFRACTION22(chain G and resid 63:71)G63 - 71
23X-RAY DIFFRACTION23(chain G and resid 72:97)G72 - 97
24X-RAY DIFFRACTION24(chain G and resid 137:210)G137 - 210
25X-RAY DIFFRACTION25(chain G and resid 211:322)G211 - 322
26X-RAY DIFFRACTION26(chain G and resid 323:509)G323 - 509
27X-RAY DIFFRACTION27(chain H and resid 1:111)H1 - 111
28X-RAY DIFFRACTION28(chain H and resid 112:216)H112 - 216
29X-RAY DIFFRACTION29(chain I and resid 1:105)I1 - 105
30X-RAY DIFFRACTION30(chain I and resid 106:214)I106 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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